Kõige sagedasemad MRI kõrvaltoimed on need, mis on seotud pika aja jooksul väikeses ruumis lamamisega ja võivad hõlmata pearinglust, seljavalusid ja väsimust. Tõsisemad kõrvaltoimed võivad tekkida reaktsioonina mis tahes MRI-s kasutatud kontrastainele. Väga harvadel juhtudel, kui kehas on metallitükk, võib MRI-aparaat sundida objekti kehas liikuma, põhjustades tõsiseid kahjustusi. See on väga haruldane kõrvalmõju, kuna selliste õnnetuste eest kaitsmiseks on kehtestatud ranged ettevaatusabinõud.
Tavaliselt kogevad inimesed MRI kõrvaltoimeid, mis näivad olevat põhjustatud magnetresonantstomograafia mõjudest, kuid on tegelikult põhjustatud pikast väga paigal lamamisest. Peapööritus ja seljavalud, millest mõned patsiendid on teatanud, on peaaegu kindlasti põhjustatud tund aega või kauem kõval pinnal paigal lamamisest. Väsimus pärast MRI-d on sageli põhjustatud pildistamisega seotud stressist, mis võib olla väsitavam, kui protseduuri ajal paistab. MRI kõrvaltoimed, nagu peavalud, on sageli seotud MRI ajal kuuldava valju müraga ja on tavalisemad inimestel, kellel on ka migreen.
Mõnel inimesel esineb kontrastaine kasutamisel kergeid MRI kõrvaltoimeid, mis tavaliselt meenutavad allergilist reaktsiooni. Väga tõsised MRI kõrvaltoimed võivad tekkida, kui patsiendil on raske neerupuudulikkus ja ta puutub kokku gadoliiniumi sisaldava kontrastainega. See kõrvaltoime on haigus, mida nimetatakse nefrogeenseks süsteemseks fibroosiks, mis on ravimatu ja mõnikord surmaga lõppev. Selle kõrvaltoime ilmnemine on suhteliselt ebatõenäoline, kuna tavaliselt tuvastatakse neerupuudulikkus enne gadoliiniumi hõlmavat MRI-d.
Väga harva põhjustab kehas leiduv raud valulikke MRI kõrvaltoimeid. Ferromagnetilised objektid võivad MRI-aparaadi lähedal igast asendist jõuliselt liikuda. Kui need asuvad kehas, võivad nad siseorganeid tõsiselt kahjustada. Inimene, kelle hammastes on metallist täidised, võib tunda kerget kipitust, kuid väiksemad hambakinnitused ei ole tavaliselt protseduuri jaoks problemaatilised.
MRI kõige sagedasem kõrvaltoime näib olevat kõrgenenud tundlikkus võimalike terviseprobleemide suhtes. MRI-aparaat on stressirohke ja sageli tundmatu tehnoloogia ning paljud inimesed tunnevad suurt muret aistingute pärast, mida tavaliselt murettekitavateks ei peeta. Tajutav kipitus või peapööritus, mis tavaliselt jääb märkamatuks, või mis tahes valuaisting muutub suureks murekohaks. Tajutav võimalus, et on esinenud suuri kõrvaltoimeid, põhjustab ka paanika sümptomeid. Neid kõrvaltoimeid saab vältida, kui räägite usaldusväärse arstiga ja tunnistate, et MRI on väga ohutu protseduur.