Klorokviin on retseptiravim, mis on loodud malaaria nakkuse vältimiseks ja olemasolevate haigusjuhtude raviks. See on osutunud väga tõhusaks malaariavastaseks vahendiks, kuid kõrvaltoimete oht on võrreldes sarnaste ravimitega suhteliselt kõrge. Patsiendil võivad mõne tunni jooksul pärast ravikuuri algust tekkida klorokiini kõrvaltoimed, nagu iiveldus, krambid ja oksendamine. Rasked kõrvaltoimed, mis võivad hõlmata nägemise kaotust, hingamisteede ahenemist ja minestamist, on vähem levinud, kuid võivad ilma kiire arstiabita muutuda eluohtlikuks.
Arstid ei ole täiesti kindlad, kuidas klorokviin kehas toimib, mistõttu on raske ette näha võimalike kõrvaltoimete tõenäosust ja tüüpi. Kõige sagedasemad klorokiini kõrvaltoimed, millest teatasid malaaria ennetamiseks ravimit võtnud patsiendid, on maoärritus, kõhukrambid, kõhulahtisus, iiveldus ja oksendamine. Mõnedel inimestel on peavalu, pearinglus ja unehäired. Samuti võivad tekkida kergelt sügelevad nahalööbed, mis meenutavad psoriaasi.
Kui klorokviini kasutatakse aktiivse malaariainfektsiooni raviks, võivad patsiendil tekkida seedetrakti kõrvaltoimed. Lisaks on nägemise muutused klorokiini kasutamisel aktiivse raviainena üsna tavalised kõrvaltoimed. Inimesel võib olla järk-järgult hämarduv nägemine või ta võib näha spontaanseid erekollase ja punase sähvatusi. Silmad võivad muutuda päikesevalguse suhtes väga tundlikuks ja neil võib olla raskusi lähedal asuvatele objektidele keskendumisega. Harva tekib täielik nägemiskaotus, mis võib olla pöörduv või mitte. Nägemisprobleemidega võivad kaasneda kuulmislangus, peapööritus ja näospasmid.
Allergilised reaktsioonid klorokviinile on haruldased, kuid tüsistused võivad olla tõsised. Tundide ja mõnikord minutite jooksul pärast annuse võtmist võib allergiline inimene kogeda laialdast nahalöövet, mis põhjustab valulikku, põletavat ja sügelevat nõgeslöövet. Hingamisteed võivad kitseneda niivõrd, et hingamine ja neelamine muutuvad väga raskeks. Kui aju on kahjustatud, võib tekkida segasus, lihasspasmid ja krambid.
Patsient, kellel esineb kergeid klorokiini kõrvaltoimeid, peaks jätkama ravimi võtmist vastavalt juhistele ja leppima kokku kohtumise oma arstiga. Arst võib teha mitmeid vere- ja pildianalüüse, et kontrollida võimalikke neeru- või maksakahjustusi ning seejärel kaaluda ravivõimalusi. Enamikul juhtudel võib patsient lihtsalt lõpetada ravimi võtmise ja alustada sarnaste malaariaravimite kuuri, et lõpetada ebamugavad klorokiini kõrvaltoimed. Üleannustamise, allergilise reaktsiooni või tõsiste nägemismuutuste korral tuleb pöörduda kiirabisse, et arstid saaksid anda veenisiseseid vedelikke ja põletikuvastaseid ravimeid. Klorokviini keha puhastamiseks võib anda diureetikume, näiteks ammooniumkloriidi.