Väidetavalt on isoflavoonidel mitmesuguseid eeliseid, kuid neil on ka mõned kõrvaltoimed, mis võivad selle aine võtjatele olla tülikad ja isegi ohtlikud. Mõned isoflavoonide kõrvaltoimed mõjutavad enamasti naisi, sest rasedatel naistel ja neil, kes on võidelnud rinnavähiga, on tavaliselt kõige suurem risk negatiivsete mõjude tekkeks. Iga naist võivad aga isoflavoonide võtmisel mõjutada kuumahood ja kaalutõus. Mehed seevastu võivad isoflavooni sisaldavate toidulisandite võtmise ajal märgata libiido langust, viljatust ja mälukaotust. Isoflavoonide muud kõrvaltoimed võivad mõjutada nii naisi kui mehi, kusjuures kõhulahtisus, toiduallergia ja peavalud on ühed levinumad probleemid.
Mõned kõrvaltoimed on naistele iseloomulikud, sest isoflavoonid võivad mõjutada naise keha hormonaalset tasakaalu, põhjustades mõningaid negatiivseid tagajärgi. Näiteks neid, kellel on anamneesis rinnavähk, ei soovitata tavaliselt isoflavoonide võtmisest, sest need võivad stimuleerida juba esinevaid rinnavähirakke. Väidetavalt häirivad isoflavoonid ka rinnavähiravimeid, kuid naisi, kellel pole seda tüüpi vähki põdenud, peetakse tavaliselt selle võimaliku kõrvaltoime eest kaitstuks. Täiendav mure on see, et isoflavoonid võivad olla kahjulikud sündimata imikutele, kes vajavad teatud hormoonide tasakaalu, et emakas korralikult areneda, mistõttu soovitatakse rasedatel naistel seda tüüpi toidulisandid vahele jätta. Iga naine on vastuvõtlik isoflavoonidega kaasnevale kaalutõusule ja kuumahoogudele, seega soovitatakse naistel veenduda, et võimalik kasu kaalub üles võimalikud kõrvalmõjud.
Meestel võivad tekkida ka mõned isoflavoonide kõrvaltoimed, mida naised ei pruugi saada, kuna neil kahel on tavaliselt erinev hormonaalne tasakaal. Üks suurimaid kõrvalmõjusid meestel on libiido langus, sest suurenenud östrogeeni tase võib põhjustada testosterooni taseme langust, mis võib samuti põhjustada viljatust. Täiendavad kõrvaltoimed meestel võivad hõlmata väsimust, mälukaotust ja kognitiivse funktsiooni langust. Paljud uuringud näitavad, et naised ei koge neid isoflavoonide kõrvalmõjusid, seega peaksid mehed seda enne selle aine võtmist meeles pidama, tuginedes naiste positiivsetele hinnangutele.
Mõned isoflavoonide kõrvaltoimed mõjutavad nii mehi kui ka naisi. Mõnedel inimestel tekib sojaisoflavoonide võtmise ajal kõhukinnisus, samas kui teistel võib tekkida kõhulahtisus ja maoärritus. Peavalud ja peapööritus on ka mõned isoflavoonide negatiivsed mõjud. Samuti on võimalik, et see aine põhjustab neerukive, toiduallergiaid ja kilpnäärmeprobleeme, seega soovitatakse inimestel, kes otsustavad isoflavoonid võtta, nende kõrvaltoimete suhtes silma peal hoida.