Inuliini kõrvaltoimed hõlmavad tavaliselt seedesüsteemi. Mõned inimesed võivad kogeda kõhuvalu ja gaase, kui nad tarbivad liiga palju inuliini. Muud sagedased kõrvaltoimed hõlmavad iiveldust ja kõhulahtisust. Tavaliselt tekivad kõrvaltoimed, kui inimesed söövad enese teadmata toite, millele on lisatud inuliini või võtavad inuliinilisandeid. Inuliin võib mõnel inimesel põhjustada allergilist reaktsiooni.
Inuliin on teatud tüüpi süsivesikud. Seda leidub looduslikult paljudes köögiviljades ja puuviljades, nagu sibul ja banaan. Süsivesikuid peetakse teatud tüüpi lahustuvateks kiududeks, kuna seedesüsteem seda ei omasta. Selle asemel soodustab see tervete bakterite kasvu soolestikus. Kuna see ei ole bakter ise, vaid mõjutab bakterite arvu organismis, peetakse seda prebiootikumiks.
Inuliini kõrvaltoimed ilmnevad tavaliselt ainult siis, kui inimene tarbib päeva jooksul liiga palju kiudaineid. Katsed ja uuringud on näidanud, et inimestel ilmnesid inuliini seedetrakti kõrvaltoimed, kui nad tarbisid seda rohkem kui 10 grammi päevas. Inuliini kasutamisel teatatud tüüpilisteks kõrvaltoimeteks olid mao krambid, mao korin ja kõhulahtisus. Mõned inimesed teatasid puhitustundest, samuti gaasidest ja kõhugaasidest.
Paljud toidutootjad lisavad inuliini sellistele toiduainetele nagu teraviljad või jogurt, et suurendada kiudainete sisaldust, muutmata toidu maitset kibedaks. Inuliinil on tavaliselt magus maitse, nii et selle lisamine toidule mitte ainult ei suurenda kiudaineid, vaid võib parandada ka toidu maitset. Kuna üha rohkem tootjaid lisab kiudaineid toitudesse, suureneb inuliini kõrvalmõjude oht, kuna inimesed võivad seda teadvustamata tarbida rohkem kui ette nähtud.
Inuliin on saadaval ka toidulisandina või süstina ning selle eesmärk on aidata leevendada kõhukinnisust või vähendada triglütseriidide taset, kuna see ei lase organismil triglütseriide omastada. Mõned inimesed usuvad, et see võib aidata alandada kolesterooli või aidata patsientidel kaalust alla võtta. Kui seda kasutatakse toidulisandina vastavalt juhistele, on inuliini kõrvaltoimed tavaliselt väikesed või puuduvad.
Mõned inimesed võivad olla inuliini suhtes allergilised. Allergilise reaktsiooni nähud on erinevad, olenevalt allergia raskusastmest. Tavalisteks allergilisteks reaktsioonideks on köha või hingamisraskused pärast kiudaineid sisaldava toidu, isegi looduslikult inuliini sisaldavate köögiviljade söömist. Kuna kiudaineid lisatakse üha enamatele toitudele, võivad allergilised reaktsioonid suureneda.