Vaktsineerimised on seotud teatud hästituntud riskidega. Siiski on need sageli seotud riskidega, mida pole tõestatud, näiteks võimalik seos autismi ja immuniseerimise vahel. Paljud inimesed otsustavad oma lapsi mitte immuniseerida, sest nad usuvad, et nad tekitavad oma lastele rohkem riske kui haigustesse nakatumine. Seda ei ole kinnitanud statistilised tõendid ega ka maailma tunnustatuimate meditsiiniorganisatsioonide, nagu Ameerika meditsiiniliit (AMA) või Maailma Terviseorganisatsioon (WHO), seisukoht.
Vaktsineerimisega kaasnevad tuvastatavad riskid on vaktsineerimisest tulenevad tüsistused, allergiline reaktsioon vaktsineerimisele või kokkupuude elavhõbedat sisaldava timerosaaliga. Vaktsineerimisega mitteseotud riskid hõlmavad autismi suurenemist või immuunsüsteemi vähenenud võimekust.
Kõige sagedasemad vaktsineerimisega kaasnevad reaktsioonid on palavik, valulikkus süsti nägemisel ja aeg-ajalt lööve. Kõige sagedamini on palavik üks leetrite/mumpsi/punetiste (MMR) vaktsiini ja difteeria/teetanuse/läkaköha (DTP) vaktsiiniga seotud riskidest.
Arvati, et elusvaktsineerimine poliomüeliidi vastu võib mõnel lapsel põhjustada lastehalvatust ning immuunsupressiooniga väikelaste eest hoolitsevatel inimestel oli väike risk nakatuda laste väljaheidete või kehavedelikega. Nüüd tehakse lastele tavaliselt enne poliomüeliidi elusvaktsiini tilkade andmist surnud poliomüeliidi vaktsiin, et minimeerida haigusesse nakatumise ohtu.
Tuulerõugete vaktsineerimist on seostatud ka juhuslike tuulerõugete juhtumitega või tuulerõugete vastu täieliku immuunsuse puudumisega. Samas võib nentida, et vaktsiinist tuulerõugetesse nakatumise oht on väike. Kui laps saab vaktsiinist tuulerõuged, on see tavaliselt üsna kerge versioon. Lisaks on täieliku immuunsuseta lastel sageli tuulerõugete väga kerge versioon, kui nad nakatuvad sellesse hiljem.
Suurimad riskid, mis on seotud meningiidivastase vaktsineerimisega, mida praegu soovitatakse lastele vanuses 11 või 12 aastat, on valu vaktsiinist ja valu vaktsiini manustamiskohas, mis kestab mitu päeva kuni nädalaid pärast seda. See kaalub palju üles riskid, mis on seotud meningiidi haigestumisega, mis võib kiiresti põhjustada surma.
Mõned vaktsineerimised võivad põhjustada tüsistusi. Näiteks võib gripivaktsiin, kuigi harva, põhjustada näo halvatust, mida nimetatakse Belli paralüüsiks. Teised on mures lastele gripivaktsiini andmise pärast, kuna paljud versioonid sisaldavad timerosaali. Tegelikult on mure selle elavhõbedat sisaldava aine pärast, mida kasutatakse vaktsiini terviklikkuse kaitsmiseks, viinud selleni, et enamiku laste vaktsiine valmistatakse ilma timerosaalita.
Nüüd on ettevõtteid, kes toodavad ka ilma timerosaalita gripivaktsiini nendele vanematele, kes arvavad, et timerosaaliga kokkupuutega seotud riskid kaaluvad üles gripi eest kaitsmise eelised. Seni pole seost timerosaali ja autismi vahel kindlaks tehtud ega tõestatud. Tegelikult näitavad statistilised uuringud paljudel juhtudel, et autism areneb seal, kus timerosaaliga vaktsiini ei ole tehtud.
Kõige ohtlikumad immuniseerimisega seotud riskid on haruldased allergilised reaktsioonid või krambid, mis tulenevad vaktsiinist. Kui teie lapsel on varem teatud immuniseerimisel olnud kõrvaltoime, on oluline teavitada arsti enne, kui laps saab muid vaktsineerimisi. Kuid jällegi kaalub kasu üles riskid. Palju rohkem lapsi kannatab vaktsineerimata nakatumise tõttu kõrvaltoimete all kui allergilise reaktsiooni tõttu.