Menstruatsiooni hilinemine võib olla paljude erinevate tegurite tagajärg. Kõige levinumad põhjused on rasedus, rinnaga toitmine, menopaus, ravimite kõrvaltoimed, kehakaalu tõus või langus, haigused ning keha füüsiline ja vaimne stress. Kui enamikul naistel esineb normaalne menstruatsioon tavaliselt 11–13 korda aastas, siis teistel on tsüklid loomulikult pikemad. Ebaregulaarse või hilise menstruatsiooni ilmnemisel on kõige parem konsulteerida arstiga, eriti patsientidel, kes võivad olla haiged või rasedad.
Rasedus, imetamine ja menopaus on hilise menstruatsiooni kõige levinumad loomulikud põhjused. Raseduse ajal säilitab keha endomeetriumi ehk emaka limaskesta, millest areneb platsenta, et toita kasvavat lootet, selle asemel, et menstruatsiooni käigus välja voolata. Rinnaga toitvatel naistel võib esineda ka ebaregulaarset menstruatsiooni, kuna rinnaga toitmisel osalevad hormoonid pärsivad ovulatsiooni ja endomeetriumi kasvu. Menopaus, protsess, mille käigus naised lõpetavad järk-järgult ovulatsiooni ja menstruatsiooni, võib olla veel üks levinud menstruatsiooni hilinemise põhjus naistel, kes on perimenopausis, sageli vanuses 45–55 aastat.
Naistel, kes ei ole rasedad, imetavad ega perimenopausis, võivad uued ravimid või annuse muutmine olla hilinenud menstruatsiooni peamiseks põhjuseks. Paljud ravimid, sealhulgas hormonaalsed rasestumisvastased tabletid, võivad häirida naise loomulikku hormonaalset tsüklit ja lükata esialgu menstruatsiooni edasi. Mõned rasestumisvastased tabletid on mõeldud menstruatsiooni täielikuks mahasurumiseks, samas kui teised võivad seda teha tahtmatult. Teised ravimid, eriti hormoonidega seotud ravimid, võivad samuti põhjustada naise tsükli häireid.
Stress on ka sagedane menstruatsiooni ärajäämise põhjus, olgu selleks siis vaimne stress, nagu ärevus, või füüsiline stress, nagu haigus või toitumis- ja treeningumuudatused. Kaalutõus ja kaalulangus võivad mõnikord põhjustada ka menstruatsiooni hilinemist. Igasugune kaalulangus võib tühjendada keha rasvavarusid, vähendades östrogeeni hulka vereringes ja potentsiaalselt viivitades menstruatsiooni. Järsk kaalutõus võib olla mõne muu haiguse, näiteks hüpotüreoidismi või polütsüstiliste munasarjade sündroomi (PCOS) sümptom, mis mõlemad võivad põhjustada menstruatsiooni hilinemist.
Dieedi ja treeningu muutused ei põhjusta mitte ainult kaalulangust ja -tõusu, vaid ka alatoitumust või muutunud hormoonide taset. Toitainetevaene dieet võib sageli põhjustada ovulatsiooni ja menstruatsiooni pärssimist, kuna keha suunab oma energiad ellujäämisele, mitte paljunemisele. Teised stressitegurid, nagu reisimine, tööga seotud surve, unehäired või keerulised emotsionaalsed olukorrad, võivad samuti põhjustada menstruatsiooni hilinemist. Need olukorrad võivad aktiveerida keha stressireaktsiooni või häirida organismi võimet säilitada teatud hormoonide taset.