Hambaimplantaatide paigaldamise tagajärjel võib tekkida mitmesuguseid probleeme. Infektsioon võib levida näiteks implantaadi kohale. Implantaadi halb paigutus võib samuti põhjustada närvivalu ja -kahjustusi. Kui implantaat pole õigesti paigaldatud, võib see olla ka lahti või ebakindel. Mõnel juhul võib see puruneda ja vajada väljavahetamist või keha võib selle isegi tagasi lükata.
Üks üsna levinud hambaimplantaadiprobleeme on infektsioon. Bakterid võivad koguneda igemetesse implantaadi ümber, põhjustades valu, turset ja põletikku. Mõjutatud võivad olla ka implantaadi ümber olevad hambad ja mõnel juhul võib infektsioon põhjustada lõualuu luude hõrenemist. Kui see juhtub, tuleb piirkonda tavaliselt puhastada ja töödelda antiseptilise suuveega või antibiootikumidega; rasketel juhtudel võib osutuda vajalikuks implantaat eemaldada, et infektsioon saaks vabaneda ja saaks paraneda.
Teine hambaimplantaadi probleemide tüüp, mis võib juhtuda, on lõualuu närvi kahjustamine. Kui implantaat asetatakse närvile või selle lähedusse, võib see avaldada sellele survet, põhjustades valu või kahjustusi. Sellisel viisil valesti paigaldatud implantaadid tuleb tavaliselt eemaldada ja sobivamasse kohta uuesti seada.
Implantaat, mis ei ole kindlalt luusse kinnitatud, võib olla ka kõikuv ja lõtv; see võib esineda erinevatel põhjustel. Näiteks ei pruugi esialgne operatsioon olla õigesti tehtud või luu kogus, millesse implantaat paigaldati, ei olnud piisav selle stabiilsena hoidmiseks. Liigne surve implantaadile teistest hammastest võib samuti selle lahti lüüa. Seda tüüpi hambaimplantaadiprobleemide korral tuleb olukorda hinnata ja sobival viisil käsitleda, et implantaat kindlalt kinnitada.
Implantaadi täielik rike on veel üks võimalikest hambaimplantaadi probleemidest. Implantaatide valmistamiseks kasutatav metall, tavaliselt titaan, võib painduda ja võib-olla isegi puruneda. Kuigi see pole väga levinud, peab hambaarst implantaadi purunemisel selle uuega asendama.
Hambaimplantaat on võõrkeha, mis sisestatakse lõualuusse ja mõnikord lükkab patsiendi keha selle tagasi. Keha peab seda sissetungijaks ega taha seetõttu tema kohalolekut. Sellistel juhtudel võib patsiendi enda keha implantaadi välja lükata. Sellises olukorras olevad patsiendid võivad kaaluda muid võimalusi, kuna nende keha lükkab tõenäoliselt tagasi edasised katsed implantaatide paigaldamiseks.