Geneetiliselt muundatud papaia plussid ja miinused on arutelu objektiks. Tervikuna on geneetiliselt muundatud toidud tavaliselt teatud putukate ja muude nakkuste suhtes vastupidavad. Miinused on peamiselt seotud asjaoluga, et need toidud ei ole osutunud pikaajaliseks ohutuks, mistõttu on mõned keskkonnarühmad ja terviseorganisatsioonid, kes usuvad, et geneetiliselt muundatud toidud võivad suurtes kogustes tarbides inimeste tervist kahjustada.
Geneetiliselt muundatud papaiad töötati välja nii, et need oleksid resistentsed papaia rõngastäpi viiruse suhtes, mis võib olla taime saagile laastav. Need on välja töötatud ja on selle kirjutamise ajal saadaval paljudes riikides. Ikka on rohkem riike, kes pole hüppanud, kuid tööstuse ametnikud püüavad kindlaks teha, milliseid samme on vaja astuda, et need laiemalt kättesaadavaks teha. Paljud riigid, kus geneetiliselt muundatud papaiasid esmakordselt müüdi, on tööstusriigid ja arengumaad on mahajääjate hulgas.
Geneetiliselt muundatud papaia ja muude toiduainete tootmise ja levitamise üle käib tihe arutelu. Ühest küljest tähendab võimalus kasvatada rohkem põllukultuure, kartmata, et viirused ja muud patogeenid hävitavad taimi, et üldiselt saab kasvatada rohkem toitu. Rohkem kasvatatud toitu tähendab, et on rohkem ringi käia. See on arutelu oluline aspekt, kuna maailma rahvaarv kasvab ja tavapärased põllukultuurid ei pruugi olla piisavalt viljakad, et kõiki lõputult toita.
Väiksemas plaanis tähendab väiksem saagikadu, et põllumehed saavad põllukultuuride müügi kaudu teenida rohkem raha, et oma peresid ülal pidada. See on väga oluline kasvatajatele, kes võivad saagi ulatusliku kadumise tõttu rahaliselt raskustes olla. Papaia puhul võib papaia rõngastäpiviirus olla väga laastav ja hävitada terved põllukultuurid.
Geneetiliselt muundatud papaia ja muude konstrueeritud toitude kasutamise peamine negatiivne külg on see, et nende ohutus ei ole pikas perspektiivis tõestatud. Mõned terviseorganisatsioonid väidavad, et ohud inimeste tervisele on suured ja et kõik geneetiliselt muundatud toidud tuleks supermarketite riiulitel keelata. Teised väidavad, et need on sama ohutud ja tervislikud kui tavapärasemalt kasvatatavad põllukultuurid. Asja tõde ei pruugi mõnda aega teada.