Prokarüootsed ja eukarüootsed rakud on kaks põhivormi, mida rakud võivad võtta. Prokarüootsed rakud moodustavad üherakulisi organisme, nagu bakterid ja arheed, samas kui eukarüootsed rakud on kõigi muude eluviiside aluseks. Maa evolutsiooni osas olid esikohal prokarüootsed rakud ja hiljem tõrjusid need välja nende eukarüootsed kolleegid.
Kõige märgatavam erinevus prokarüootsete ja eukarüootsete rakkude rakkude vahel on viimaste võime moodustada kompleksset organismi. Prokarüootid on kõik üherakulised organismid, samas kui eukarüootide hulka kuuluvad taimed, seened ja loomad. Kombineerimis- ja koostöövõime on võimaldanud eukarüootidel areneda prokarüootidest palju kaugemale.
Mõlemad rakutüübid sisaldavad üksteisega sarnaseid elemente. Mõlemad tüübid on desoksüribonukleiinhappel (DNA) põhinevad organismid, mis sisaldavad rakumembraani, flagellumit, tsütoplasmat ja ribosoome. Neil on sama tüüpi DNA ja sama geneetiline kood. Üks erinevus seisneb selles, et prokarüoodi DNA on ümmargune, samas kui eukarüoodi DNA on lineaarne. Eukarüootne DNA seostub histooni valkudega, moodustades kromosoome, prokarüootne DNA aga mitte.
Kõige märkimisväärsem füsioloogiline erinevus prokarüootsete ja eukarüootsete rakkude vahel on tõelise tuuma puudumine. Tuum sisaldab ja töötleb suurema osa eukarüootse raku DNA-st ning selle ülesanne on kontrollida raku aktiivsust. Tuum asub membraanis, et hoida seda ülejäänud rakust eraldi. Prokarüootil on nukleoidne keskus, kuhu DNA kogutakse, kuid eraldusmembraani pole.
Sisemembraanid on kahe rakutüübi korduv erinevus. Eukarüootne rakk on täidetud erinevate miniatuursete elunditega, mida nimetatakse organellideks. Need membraaniga seotud elemendid täidavad rakus spetsiifilisi funktsioone ja erinevad raku tsütoplasmast. Prokarüootidel ei ole tavaliselt tsütoplasmast eraldatud organelle. Tsütoplasma on viskoosne vedelik, mis sisaldub rakus.
Kui nii prokarüootsetel kui ka eukarüootsetel rakkudel on ribosoomid, siis eukarüootsetes rakkudes on ribosoomid suuremad ja arenenumad. Ribosoomid kasutavad rakus valkude loomiseks aminohappeid ja ribonukleiinhapet (RNA). Prokarüootne ribosoom koosneb kolme tüüpi ribosomaalsest RNA-st (rRNA) ja umbes 50 tüüpi valgust. Eukarüootne ribosoom koosneb aga viiest tüüpi rRNA-st ja umbes 80 tüüpi valgust.
Eukarüootsed rakud sisaldavad selget organelli, mida nimetatakse mitokondriteks, ja taimerakkudel on ka organellid, mida nimetatakse plastiidideks. Prokarüootsetel rakkudel pole kumbagi. Mitokondritel ja plastiididel näib olevat ühine päritolu. Mõlemad näivad olevat olnud erinevad prokarüootid, mis imenduvad eukarüootides püsivas sümbiootilises suhtes.
Mõned üldistatud erinevused raskendavad välistamist. Üldreeglina erinevad need rakud rakuseinte poolest. Kuigi kõigil prokarüootidel on need olemas ja enamikul eukarüootidel mitte, on ka erandeid. Mõnedel prokarüootidel on välja arenenud primitiivsed organellid, kuid üldiselt need puuduvad.