Meeste ja naiste reproduktiivsüsteem on arenenud erinevate erialade jaoks, kuid sama eesmärgi nimel: laste sünnitamiseks. Kogu naise reproduktiivsüsteem asub keha sees, samas kui suur osa meeste omast on väljaspool keha. Funktsionaalne erinevus nende kahe süsteemi vahel seisneb selles, et naise süsteem on loodud lapse kasvatamiseks, kuni see kasvab piisavalt, et maailmas ellu jääda, ja mees on sperma kohaletoimetamise süsteem. Samuti erinevad süsteemide üksikud komponendid.
Naiste reproduktiivsüsteem on täielikult sisemine, väljumis- ja sisenemispunktidega tupes. Üks silmapaistvamaid erinevusi meeste ja naiste vahel on meeste suguelundid keha välisküljel. Väliskeskkonna madalam temperatuur aitab hoida sperma tervena ja hoiab ära kehas leiduva soojustaseme kahjustused.
Naisel on eraldi avad uriini ning menstruatsiooni ja seksuaalvahekorra jaoks, samas kui mehel on ainult üks ava uriini ja sperma väljutamiseks. Kuigi vagiina välised osad kipuvad seksuaalvahekorra ajal verega täituma, on mehe peenis palju ilmsem. See võimaldab tal kasutada oma peenist funktsionaalsetel põhjustel ja sisestada see tuppe.
Nii meeste kui ka naiste reproduktiivsüsteem toodavad hormoone, kuid hormoonid erinevad. Naised toodavad rohkem naissuguhormoone nagu östrogeen ja meestel on näiteks rohkem testosterooni. Need hormoonid avaldavad kehale laiaulatuslikku mõju, näiteks sekundaarsete seksuaalomaduste, nagu rinnad või laiad õlad, väljakujunemist. Mõlemad reproduktiivsüsteemid hakkavad puberteedieas tootma üha rohkem hormoone.
Naistel on munarakud juba sündides munasarjades ja munarakud vabanevad iga kuu. Mehed seevastu toodavad regulaarselt uut spermat. Naiste reproduktiivsüsteem vajab igakuist perioodi emaka limaskesta uuendamiseks, samas kui meeste süsteem ei vaja samamoodi regulaarset hooldust.
Struktuuriliselt on naiste reproduktiivsüsteem sündimata lapse hoidmise ja toitmise ala. Lisaks on see ruum, kus naise munarakud saavad seguneda mehe spermaga, et toota uus inimene, mis võimaldab naisel osa oma geene järgmisele põlvkonnale edasi anda ja mehel sama teha. Meeste reproduktiivsüsteem ei sisalda ühtegi bioloogilist varustust, mis toetaks uut last. Selle asemel on see sperma tootmis- ja kohaletoimetamise süsteem.