Süsteemiadministraatori tarkvara sisaldab tavaliselt laia valikut programme süsteemi toimingute jälgimiseks ja sündmustele või ilmnevatele probleemidele reageerimiseks. Levinud programmid hõlmavad tööriistu, mida administraator saab kasutada kaugterminali juhtimise ülevõtmiseks ning tarkvara kontode ja paroolide haldamiseks. Varundus- ja taastetööriistadena kasutatakse teatud tüüpi süsteemiadministraatori tarkvara, mis kaitsevad andmeid, ja programme, mis tagavad kaitse ründetarkvara eest. Muud tööriistad võivad hõlmata utiliite võrkude seadistamiseks ja jälgimiseks ning neile juurdepääsu kontrollimiseks.
Paljud süsteemiadministraatori tarkvaraprogrammid on välja töötatud tööriistadena töötamiseks võrku kuuluvate arvutitega. Selles funktsioonis võivad kaugtöölauaprogrammid olla üsna tõhusad. Seda tüüpi tarkvara võimaldab administraatoril võrgus oleva arvuti üle kontrolli võtta ja programmi kaudu probleeme otsida. Selline süsteemiadministraatori tarkvara võimaldab isegi täielikku klaviatuuri ja hiire juhtimist, justkui istuks administraator tegelikult kaugterminali juures.
Samuti on palju programme, mis on loodud süsteemi kontode määramiseks ja kontrollimiseks. See võib hõlmata süsteemiadministraatori tarkvara, mida kasutatakse kasutajanimede kiireks loomiseks ja levitamiseks ning vaikeparoolide määramiseks. Lisatud võivad olla täiendavad turva- ja paroolikontrollid, näiteks programmid, mis skannivad paroole, et leida üles need, mis on nõrgad või ohustatud, ja saadavad administraatorile teatise.
Süsteemis olevate andmete varundamiseks ja taastamiseks on välja töötatud palju tööriistu ja programme. Selline süsteemiadministraatori tarkvara saab kiiresti teha taasteketta või teha varukoopiana täieliku kettapildi. Üldlevinud programme, nagu viirusetõrjetarkvara ja rämpspostifiltrid, kasutavad ka administraatorid, et tagada võrku kuuluvate arvutite turvalisus. Seda tüüpi süsteemiadministraatori tarkvara võib sarnaneda kaitseprogrammide lihtsamate versioonidega, kuid suudab korraga skannida paljusid süsteeme ja edastada nende kohta teavet koos.
Samuti on olemas programmid võrkude, sealhulgas kohalike ja suuremate võrkude seadistamiseks, mis loovad ühenduse Interneti ja serveritega väljaspool kohalikku piirkonda. Süsteemiadministraatori tarkvara saab kasutada võrguühenduste testimiseks ning sissetulevate ja väljaminevate andmete vaatamiseks, et otsida võrgus rünnete või pahatahtliku tarkvara näitajaid. Administraator võib ka võrgus läbi viia teste, mida nimetatakse läbitungimistestideks, et otsida võrgust terminale või porte, mis võivad olla rünnaku suhtes haavatavad. Suurema turvalisuse testimiseks saab kasutada muid tööriistu, näiteks programme, mis käivitavad võrgu rünnaku või üritavad parooli häkkida.