Siseauditi töökohad esindavad raamatupidamissektoris kindlat ametikohtade rühma, mis on levinud avalikes ja eraorganisatsioonides. Nende ametikohtade ametijuhendid võivad olla väga erinevad, eriti sõltuvalt audiitori tasemest ja teadmistest. Riigiarvestuse valdkonnas töötab siseaudiitor klientidele lepingu alusel, valmistades ette auditid iga kliendi jaoks. Eraarvestuses töötab siseaudiitor otse ettevõtte heaks ja tegeleb finants- või tegevusaudititega. Siseauditi töökohad – olgu avalikud või erasektori – on mõeldud selleks, et aidata ettevõtte juhtkonnal paremini mõista selle tegevust ja parandada vigu teatud äritegevuses.
Riigi raamatupidamisbüroo kasutab enamikul juhtudel riigiettevõtete ülevaatamiseks siseaudiitoreid. Nendel auditi ametikohtadel on auditi juhendaja ja mitu audiitorit, kes teevad suure tõenäosusega ära suurema osa tööst. Audiitorid töötavad otse raamatupidamisbüroos ja tegelevad iga kliendiga kui konkreetse töökohaga, mis tavaliselt luuakse lepingute abil. Nende siseauditi tööülesannete eesmärk on esitada ettevõttesiseseks kasutamiseks aruanne või täita konkreetseid valitsuse määrusi, mis käsitlevad avalik-õigusliku ettevõtte siseauditit. Kuigi see on segadust tekitav, on siseaudiitoritel tavaline praktika riigiraamatupidamisettevõttes sellisel viisil töötada.
Eraettevõtted võivad palgata oma raamatupidamistöötajate hulka ka siseaudiitoreid. Need ametikohad on kõige levinumad suurtes organisatsioonides, kus selles osakonnas töötab mitu raamatupidajat erinevate raamatupidamisülesannetega. Siseauditi töökohtadel on tavaliselt üks kahest fookusest: finants- või tegevusvaldkond. Finantssiseaudiitor vaatab läbi ettevõtte dokumendid või raamatupidamisaruanded, mille on koostanud teised osakonna raamatupidajad. Need ametikohad tagavad, et iga raamatupidaja järgib ettevõtte poliitikat ega riku riiklikke raamatupidamisstandardeid ega muid raamatupidamispõhimõtteid.
Siseaudiitor, kes keskendub operatiivülesannetele, võib sellesse ülevaatusse lisada finantsdokumente, kuid ei pruugi seda mitte lisada. Näiteks suures autode jaemüüjas võib siseaudiitor tagada, et kõik mehaanikud järgivad hoolduspiletite täitmise ja viimistlemise reegleid. Need siseauditi töökohad täidavad vastavuse eesmärki, olenemata sellest, kas reeglid on ettevõttesisesed või väljastpoolt reguleerivad asutused. Kuigi need töötajad võivad olla raamatupidamisosakonna otsese järelevalve all, ei tohi üksikisik töötada ainult selles valdkonnas. Sama haridus ja reeglid sellel ametikohal kipuvad aga olema samad, mis finantsarvestuses töötaval siseaudiitoril.