Küpsetiste, sealhulgas kookide, saiade ja muffinite retseptides saab kasutada mitmesuguseid puuvilju. Kõige tavalisemad muffinites kasutatavad puuviljatüübid on mustikad, jõhvikad ja banaanid. Muud tüüpi puuviljamuffinid ühendavad erinevate puuviljade pakutavad maitsed maitsetega, mida traditsiooniliselt leidub muudes küpsetistes, nagu kaneel, vanill ja šokolaad.
Peaaegu iga puuviljamuffinite retsepti aluseks on mõned koostisosad, mis on levinud paljudele küpsetistele. Näiteks nõuab enamik muffiniretsepte jahu, küpsetuspulbrit ja suhkrut. Teiste tavaliste koostisosade hulka, mida enamikus retseptides leidub, on piimarasv, piim ja sool. Muffineid küpsetatakse traditsiooniliselt muffinipannides, mis on kleepumise vältimiseks võiga määritud või vooderdatud paberist koogivooderdistega. Lisaks tüüpilisele muffinipanni suurusele on neile, kes soovivad valmistada suupistesuurusi küpsetisi, saadaval ka mini-muffinipannid.
Erinevad marjad on kõige levinumad puuviljamuffinite valmistamise võimalused. Edetabeli tipus on mustikad ja jõhvikad, kuid muffinites leidub sageli ka maasikaid ja vaarikaid. Neile, kellel on raskusi oma lemmikmarja kasuks otsustamisega, on maitse ja värvi lisamise võimalus ka mitut tüüpi marjade lisamine.
Kas hommikusöögiks või suupisteks, on pagaritöökodades ja kohvikutes veel üks populaarne valik banaanidega puuviljamuffinid. Selline küpsetis on lihtsalt väiksem, kaasaskantavam versioon üha populaarsemast banaanileivast. Tavaliselt on banaanidega valmistatud puuviljamuffinites lisaainena ka pähklid. Pähklid, mida sageli banaanidega paaritatakse, hõlmavad kreeka pähkleid ja mandleid.
Lisaks traditsioonilistele võimalustele saab muffineid valmistada ka muudest puuviljadest. Näiteks kirsid ja aprikoosid toimivad hästi koostisosadena, kas eraldi või koos teiste puuviljadega. Muud võimalused hõlmavad virsikute või pirnide tükkide lisamist retseptile. Lisaks segatakse kuivatatud puuvilju, näiteks rosinaid, sageli värskete puuviljadega, et aidata lõpptoote tekstuuri muuta.
Puuviljade kombineerimine teiste maitseainete ja koostisosadega on pagarite ja kodutegijate teine levinud taktika. Täiendavad koostisosad, mida sageli muffiniretseptides kasutatakse, on kaerahelbed, kliid ja mesi. Tavaliselt lisatavad maitseained on vanill, kaneel ja muskaatpähkel. Isegi köögivilju, nagu suvikõrvits ja porgand, saab purustada ja kombineerida puuviljadega muffinitainas.
Tarbimiseks saadaolevate puuviljamuffinite eri tüüpide arutamisel on oluline käsitleda pagaritoodetes tavaliselt leiduvate muude koostisosade ja lisandite lisamist. Näiteks kombineeritakse mustikaid sageli juustukoogiga, et valmistada mustika-juustukooki muffineid. Populaarsed muffinikatted on streusel, tuhksuhkur ja mingi glasuur.