Kas täidises või peale kuhjatud puuviljajuustukoogil on maitsed, mis täiendavad juustukoogi toorjuustutäidist. Kirsid, laimid ja virsikud on mõned võimalused puuvilja-juustukoogi valmistamiseks. Puuvilja-juustukoogi valmistamiseks kasutatakse ka eksootilisemaid puuvilju, nagu mango, ananass ja kookos. Juustukoogil võib olla ka õunu, jõhvikaid ja maasikaid.
Sidrunite maitse sobib hästi juustukoogile, sest paljud juustukoogi täidised sisaldavad juba sidrunimahla hõngu. Sidrunijuustukoogil marjakastmega on mandli- ja datlikoor, millele on lisatud india pähklitest, meest ja sidrunimahlast valmistatud täidis. Marjakaste valmistatakse marjadest, mis on segatud datlite või meega ja blenderdatud ühtlaseks massiks. Sidrunijuustukook sisaldab magustatud kondenspiima, neufchateli juustu ja mune. See on maitsestatud vanilje, sidrunimahla ja sidrunikoorega.
Õuntest saab valmistada puuvilja-juustukooki, näiteks õunastreuseli juustukooki, mis sisaldab õunu, pruuni suhkrut ja kaneeli. Sügisene õunajuustukook sisaldab grahami kreekeripuru, peeneks hakitud pekanipähklit ja suhkrut. Suhkru ja kaneeliga kaetud viilutatud õunad laotakse toorjuustu-suhkrutäidisele. Karamell-õunajuustukoogil on Grahami kreekeripuru, jahvatatud kaneeli ja peeneks hakitud pekanipähklite koorik. Toorjuustutäidisele lisatakse enne serveerimist kooritud õunu ja karamellijäätise kate, vahukoor ja hakitud pekanipähklid.
Värsked ja konserveeritud kirsid on populaarne puuviljajuustukoogi kate. Üksikud minikirsi-juustukoogid valmistatakse nii, et koogiümbrise põhja asetatakse vanilje vahvel, seejärel valatakse peale toorjuustutäidis. Need keedetakse, jahutatakse ja kaetakse seejärel konserveeritud kirsipirukatäidisega.
Mangodest, ananassidest ja virsikutest saab valmistada puuviljajuustukooke. Mangojuustukook valmib toorjuustutäidisele mangopüreed lisades. Virsikujuustukoogi valmistamisel kasutatakse virsikuželatiini ja suuri küpseid virsikuid. Ananassi juustutort on valmistatud rasvavaba toorjuustu, purustatud ananassi ja suhkruvaba vahustatud kattega. Pina colada juustukook on valmistatud purustatud ananassist, kookoskoorest ja hapukoorest ning maitsestatud heleda rummi ja kookoseekstraktiga.
Puuvilju, millel on veidi hammustus, nagu jõhvikad ja laimid, kasutatakse ka puuvilja-juustukoogi valmistamiseks. Key laimi juustukook maasikavõikastmega sisaldab toorjuustu, muna ja hapukoort. See on maitsestatud laimikoore, maasikate ja võtmelaimi mahlaga. Pööratud jõhvika-juustukoogil on küpsisepuru ja võikoor. Toorjuustutäidis on maitsestatud täismarja jõhvikakastme, kaneeli ja nelgiga.