Neile, kes armastavad muffineid, kuid kellel on gluteeniallergia, tsöliaakia või gluteenitalumatus, on palju gluteenivabu muffineid. Gluteen on valk, mida leidub mõnes terades ja aeg-ajalt ka küpsetusainetes, seega valmistatakse gluteenivabu muffineid modifikatsioonidega, et asendada koostisained selle valguga. Need muffinid võivad olla magusad või soolased, paljude erinevate koostisosade ja maitsetega. Paljud valikud on pakendatud pakendites, värskelt pagaritöökodadest või retseptina, mida saab kodus valmistada.
Magusad gluteenivabad muffinid on šokolaadiga või puuviljadega. Populaarsed näited on gluteenivabad šokolaaditükkidega muffinid või gluteenivabad mustikamuffinid. Paljusid neist valikutest võib eelsegatult leida mõne toidupoe eriosadest. On olemas ka teisi sorte, mis uurivad ka erinevaid puuviljakombinatsioone.
Soolase sordi gluteenivabu muffineid ei leidu nii sageli pakendatud pakendites. Kui aga teadlikkus gluteenitalumatusest ja allergiatest suureneb, võib see muutuda. Soolased muffinid on näiteks kõrvitsa-miso või porgandi-sibulamuffinid. Soolased muffinid võivad sisaldada ka juustu või serveerida koos juustuga.
Kultuuriliselt peetakse USA-s muffineid sageli suure koogikujuliseks. Üks selle kuju variatsioon on gluteenivaba inglise muffin. Inglise muffinid on lamedad ja võivad olenevalt koostisosadest ja määrdest olla soolased või magusad. Gluteenivabu inglise muffineid saab osta pakendatud kujul või valmistada neid retsepti alusel kodus.
Mõned pagariärid pakuvad nüüd gluteenivabu muffineid neile, kellel on vähe aega või kellel on toiduvalmistamise vastu vastumeelsus. Gluteenivabad pagariärid pakuvad erinevaid magusate ja soolaste sortide retsepte. Need pagariärid tegutsevad nii telliskivi- ja mördiettevõtetes kui ka veebis neile, kellel pole juurdepääsu gluteenivabadele rajatistele.
Gluteenivabad retseptid asendavad tavaliselt traditsioonilist nisujahu. Jahuasendajaid saab osta valmis pakendites. Teine võimalus gluteenivabade muffinite valmistamiseks on nisujahu asendamine mõne muu gluteenivaba jahuga. Nende jahu alternatiivide näidete hulka kuuluvad kookosjahu, mandlijahu ja pruuni riisijahu, kuigi need lisavad erinevaid maitseid ja sageli tuleb neid kombineerida teatud tüüpi sideainega, näiteks ksantaankummiga.
Söögisooda ja küpsetuspulber sisaldavad aeg-ajalt gluteeni, seega tuleks nende koostisosade kasutamisel gluteenivabade muffinite valmistamisel järgida erilisi ettevaatusabinõusid. Mõned söögisoodad ja -pulbrid näitavad nüüd, kas need on gluteenivabad või mitte, samas kui mõnel pole märget. Kiire uurimine aitab tavaliselt enne toiduvalmistamist kindlaks teha parima gluteenivaba söögisooda ja pulbri valiku.