Vaarikataimi võivad mõjutada mitmesugused haigused, sealhulgas erinevat tüüpi lehemädanik, suhkruroo botrytis, antraknoos, lehtede kähar, mosaiikhaigus ja veenide kloroosi. Mõned neist vaarikahaigustest on põhjustatud invasiivsest seenest, teised on aga viirusliku iseloomuga. Eksperdid soovitavad osta taimi, mis on sertifitseeritud viirustevabaks, kuna vaarika taim on eriti vastuvõtlik viirushaigustele.
Paljud vaarikahaigused tulenevad seene olemasolust, mis mõjutab negatiivselt taime teatud piirkondi. Roopõletiku korral siseneb seen oksa haavakohta, mille võis põhjustada putukate kahjustus, pügamine või ümberistutamise ajal tekkinud vigastus. Seda haigust täheldatakse kõige sagedamini mustadel vaarikal. Roo-botrytis mõjutab taime vanimaid lehti pruunide laikude või hallikate triipudega. Kaugelearenenud staadiumides tekivad taimel tumedad villilaadsed haavandid. Antraknoos põhjustab lillad või punased laigud vaarikataime lehtedel, okstel, vartel või viljadel.
Vaarikataime oksi ja lehti kahjustav lehemädanik algab tavaliselt leheservade infektsioonina, mis levib sissepoole. Seda seisundit esineb sagedamini punastel vaarikal ja see võib takistada pungade õitsemist. Kääbuspõletikul on kaks põhjust, kuna haigust tekitav seen pääseb taime sisse kääbusvastsete põhjustatud kahjustatud koe kaudu. See on üks vaarikahaigustest, mis võib põhjustada taime struktuurikahjustusi. Lehtede laikulisusest annavad tunnistust mustjasrohelised laigud või augud taime lehtedes – seda seisundit saab vähendada sobiva pügamise või fungitsiidi kasutamisega.
Mõned vaarikahaigused on põhjustatud viirusest. Lehtede kõverdumine väljendub vaarikataime okste ja lehtede keerdumises ja valgendamises, kusjuures kõik saadud viljad on väga seemnelised ja kuivad. See seisund esineb sageli metsvaarikalaikude nakatumise tõttu. Mosaiiktõbi kuulub paljude vaarikahaiguste hulka, mis mõjutavad nii puuvilju kui ka lehti ning vähendavad taime üldist suurust. Veenide kloroosiga kaasneb vaarika lehe heledamaks muutumine ja moonutamine, samuti taime üldine lühenemine.
Seente päritoluga vaarikahaiguste vältimiseks või tõrjumiseks soovitavad eksperdid piisava umbrohutõrje ja pügamise abil säilitada piisava õhuringlusega taimed. Taimede puhul, mida kastetakse läbi niisutussüsteemi, võib pikaajaliste liigse niiskuse vältimine aidata vähendada seente sissetungi. Fungitsiidid võivad aidata hallata seenhaigusi, kui need on ilmnenud. Sellist haigusseisundit nagu lehemädanik saab tõhusamalt lahendada insektitsiidiga.