Üks levinumaid seedesüsteemi puhastamise meetodeid on mitmetunnine või mõnepäevane paastumine. Mõningaid aineid, näiteks aktiivsütt, võib alla neelata ka seedekulglas leiduvate toksiinide ja muude kahjulike ainete imendumiseks. Seedekulgla alaosa puhastamisel on väga tõhusad ka klistiir ja jämesoole vesiravi protseduurid. Üks tõhusamaid viise seedekulgla puhta ja töökorras hoidmiseks on aga tervislik tasakaalustatud toitumine, mis sisaldab rohkelt kiudaineid.
Tahkete toitude dieedist väljajätmine ehk paastumine on sageli üks eelistatud meetodeid seedesüsteemi puhastamiseks. Tahkete jäätmete puudumine seedetraktis võimaldab väidetavalt organismil sinna kogunenud toksiine välja uhtuda. Pikaajaline paastumine ei ole aga tavaliselt soovitatav ja enamik inimesi paastub tavaliselt mitte rohkem kui 12–24 tundi. Katse paastuda kauem kui paar päeva võib olla ohtlik.
Paastumisel soovitatakse inimesel tavaliselt vett juues säilitada vedelikku. Puuviljamahla paastu saab aga kasutada ka seedesüsteemi puhastamiseks. Seda tüüpi paastu ajal joob inimene tavaliselt ainult vett ja puuviljamahlu.
Seedesüsteemi puhastamiseks võib kasutada ka aktiivsütt ja bentoniitsavi tablette. Allaneelamisel võivad need ühendid absorbeerida toksiine, nagu raskmetalle ja pestitsiide, ning ohtlikke mikroorganisme, mis esinevad seedetraktis. Seejärel erituvad need kehast väljaheidetega. Mõlemad need ühendid võivad siiski põhjustada mõningaid kõrvaltoimeid, sealhulgas kõhukinnisust.
Klistiir ja käärsoole vesiravi protseduurid on teised seedetrakti puhastamise meetodid. Neid meetodeid kasutatakse tavaliselt ainult seedetrakti alumise osa puhastamiseks. Klistiir hõlmab üldiselt sooja vee pigistamist pärasoolde. See aitab toksiine ja kõvenenud väljaheiteid kehast välja viia.
Käärsoole hüdroteraapiat nimetatakse mõnikord käärsoole niisutamiseks. See protseduur hõlmab tavaliselt steriilse vooliku asetamist pärasoolde ja alumise soolestiku loputamist sooja veega. Erinevalt klistiirist, mis puhastab ainult alumise soolestiku alaosa, puhastab käärsoole vesiravi tavaliselt kogu alumise soolestiku.
Kõige tõhusam meetod seedesüsteemi puhastamiseks ja toksiinide kogunemise ärahoidmiseks on aga tervislik ja tasakaalustatud toitumine. Rasvaseid toite ja rafineeritud suhkruid ei tohiks süüa või vähemalt mõõdukalt. Inimene peaks kindlasti saama ka piisavas koguses kiudaineid, mis on vajalikud terve seedesüsteemi ja regulaarse roojamise jaoks. Looduslikud kiudainete allikad on köögiviljad, puuviljad ja täisteratooted.