Puupuhkpillimuusika jaguneb laias laastus kahte põhiliiki: esitusmuusika, võib-olla kõige mitmekesisem, ja etüüd või õpetusmuusika. Mängijad ja heliloojad jagavad puupuhkpillimuusikat esitamiseks instrumentaariumi alusel rühmadesse. Näiteks üks instrumentatsioon on flööt, oboe, klarnet, metsasarv – mis tehniliselt kuulub labrofoni või huulevibratsiooniga instrumentide perekonda – ja fagott, kõige sagedamini kasutatav puupuhkpillikvinteti rühmitus. Puupuhkpillimuusika rühmitab mõnikord instrumendid perekondades, näiteks oboed, inglissarve ja fagotti vajav teos. Oluline märkus on see, et puupuhkpillimuusikat loetakse ikkagi puupuhkpillimuusikaks, isegi kui tugipillid ei ole puupuhkpillid, kusjuures klassifikatsioonil on rõhk esitletaval pillil. Näiteks oboesoolot võib toetada keelpillikvartett.
Puupuhkpillimuusikat, mis on sarnane vask-, löök- või keelpillidele, saab klassifitseerida mängijate arvu, mitte instrumentaariumi järgi. Puupuhkpillimuusika liikide hulka kuuluvad seega soolod, duetid, triod, kvartetid, kvintettid, sekstettid, septetid, oktettid. Jällegi kasutatakse klassifitseerimisel esmaseid puupuhkpillimängijaid, mitte toetavaid mängijaid. Näiteks teos klarnetile ja orkestrile on endiselt klarnetisoolo. Concerto grosso, instrumentatsioon, milles orkester toetab ja vastandab väikest rühma kontserdivormis soliste, võib esineda puupuhkpillirühmaga.
Esinemiste jaoks trükitakse puupuhkpillimuusika ka selle kavandatud esinemiskoha alusel, kusjuures puupuhkpillimuusika liigitatakse üldiselt kas ilmalikuks või religioosseks. Ilmalikul puupuhkpillimuusikal on palju pikem ajalugu, tõendid puupuhkpillimuusika kohta ulatuvad tuhandete aastate taha. Näiteks Hiinas mängiti peaaegu tuhat aastat enne Kristuse aega väga lihtsaid flöötide versioone, samal ajal kui kreeklased mängisid aulosid, mis olid selliste instrumentide ülimalt varased eelkäijad, nagu oboe, millel on kaks toru või ühe huulikuga toru. Kirikule mõeldud puupuhkpillimuusika hakkas tõsiseltvõetama alles renessansi- ja barokiajastul, kuna paljud sektid ei uskunud, et pillidel on jumalateenistusel koht ja et hääl on sobivam. Piir ilmaliku ja religioosse muusika vahel ei olnud aga alati selge, kuna kirikus kõlas instrumentaalmuusika, mis põhines ühistel ilmalikel või rahvalikel teemadel.
Etüüdi või puupuhkpillide õpetusmuusikat esitamisel üldjuhul ei kasutata. See on mõeldud ainult mängija tehnika või kontrolli parandamiseks. Suur osa seda tüüpi muusikast sunnib puupuhkpillimängijat läbi töötama keerulisi sõrmede kombinatsioone või täiustama seadet, kuid osa puupuhkpilli etüüdi muusika keskendub sellistele elementidele nagu teatud liigendused või toon. Etüüdimuusika tutvustab mängijaid ka selliste põhitõdedega nagu skaala ja arpedžod. Mängijad seostavad seda tüüpi muusikat sageli esitusmuusikaga, kuigi see on erinev, kuna õppemuusika parandab esitusmuusika hästi esitamiseks vajalikke võimeid.