Malabsorptsiooni sümptomid ilmnevad siis, kui keha seedetrakti süsteem ei tööta normaalselt ega suuda toidust saadavaid toitaineid omastada ega kasutada. See erineb stsenaariumidest, kus inimesed ei tarbi piisavalt toitvat toitu, kuid enamikul juhtudel söövad malabsorptsiooniga inimesed piisavat dieeti. Kehv imendumine, mis võib olla põhjustatud paljudest tingimustest, tähendab, et keha ei kasuta saadud toitu õigesti. Lühiajalise malabsorptsiooniga võivad kaasneda väikesed sümptomid, nagu mõnepäevane ebameeldiva lõhnaga kõhulahtisus ja nõrkus. Teise võimalusena võivad sümptomid muutuda väga tõsisteks, kui haigus on krooniline ja peaaegu kõik kehasüsteemid kannatavad oluliste toitainete ja vitamiinide puuduse all.
Üks silmapaistvamaid malabsorptsiooni sümptomeid on väljaheite välimus ja see on sageli probleemide esimene näitaja. Mõnel inimesel on sage vesine kõhulahtisus ja teistel on märke liigsest rasvasisaldusest väljaheites, mis muutub heledaks ja võib kleepuda WC-poti külge või kipub vee kohal hõljuma. Väga mahukas väljaheide, kui süüakse normaalses koguses toitu, võib samuti tähendada, et keha raiskab, selle asemel, et tarbida saadud toitu. Väljaheite väljanägemise muutustega kaasnevad sageli muud soolestiku sümptomid, nagu kõhukrambid, gaasid ja kõrvetised.
Paljud inimesed, kellel on kõhugripi või kerge toidu kaudu leviva haiguse tõttu ajutine maoärritus, võivad kogeda mõnepäevaseid malabsorptsiooni sümptomeid. Kui haigusseisund muutub krooniliseks, kipuvad need varajased sümptomid süvenema ja ilmnevad muud kehva toitainete imendumise tunnused. Kroonilise malabsorptsiooniga inimesed võivad märgata selliseid asju nagu seletamatu kaalulangus. Lastel võib esineda viivitusi kasvus või neil võib diagnoosida ebaõnnestumine.
Täpsemad malabsorptsiooni sümptomid võivad sõltuda probleemi põhjusest ja toitainetest, mis ei imendu. Mõned põhjused tähendavad, et seedetrakti süsteem ei suuda mõnda toitaineid omastada, kuid künnis neelab teisi. Kui seda tüüpi malabsorptsioon on krooniline, võib see kõige rohkem mõjutada keha erinevaid piirkondi, mis sõltuvad konkreetsetest toitainetest. Kaltsiumipuudus võib mõjutada luude kasvu, tihedust ja tugevust; madal valgusisaldus põhjustab veepeetust ning raua, foolhappe või vitamiini B12 puudused võivad põhjustada erinevaid aneemia vorme, mis põhjustavad nõrkust või väsimust.
Paljudel juhtudel viitavad malabsorptsiooni sümptomid mitme toitaine puudusele. Aneemia, luunõrkus ja veepeetus võivad esineda koos. Kui neid sümptomeid jätkuvalt ignoreeritakse, võivad mitme kehasüsteemi kahjustused koguneda. Halvematel juhtudel võivad krooniliselt toitainetest ilma jäävatel inimestel tekkida neeruprobleemid või isegi südamepuudulikkus. Oluline on põhjus diagnoosida ja võimalusel ravida. Samal ajal vajavad malabsorptsiooni all kannatajad puuduvate toitainete korvamiseks muid toitumistoetusi.