Nagu paljudes riikides, erinevad traditsioonilised Kreeka toidud ja vürtsid, mida kokad kasutavad, olenevalt riigi erinevatest piirkondadest, näiteks rannajoonest ja mägipiirkondadest. Enamik Kreeka toiduvalmistamisel kasutatavaid vürtse, nagu piment, aniis ja karripulber, imporditakse, kuigi mastiks või kummimastiks on Kreeka saare Chiose päritolu. Paljud Kreeka vürtsid, sealhulgas kardemon, koriandriseemned ja muskaatpähkel, on rahvusvaheliselt hästi tuntud ja mõned neist on keskmise koka jaoks vähem populaarsed.
Inimesed lühendavad kummimastiksit sageli lihtsalt mastiksiks. See on lentiski igihalja põõsa mahl, mida inimesed kutsuvad mastiksipuuks. Kreeklased eksportisid seda paljudesse Vahemere maadesse magusate leibade, eriti lihavõtteleibade maitsestamiseks. Kreeklased kasutavad seda ka alkoholi valmistamisel.
Üks Kreeka eri piirkondadest on rannikualad, kus põliskreeklased suhtlesid välismaiste meremeestega. Nende merekaupmeestega kaubeldes muutusid populaarseks vürtsid, nagu Uus-Maailma riikidest pärit piment. Sisemaa tasandikud ja mägised alad olid eraldatumad. Nendest piirkondadest pärit toidud ei sisaldanud nii palju vürtsi.
Aniis on üks vürtsidest, millest Vana-Kreeka kirjanikud on kirjutanud, ja see on kreeka likööri ouzo põhimaitseaine. Aniis on populaarne magusa leiva ja muude magustoitude maitseaine ning kuna sellel on tugev maitse, kasutavad kokad seda vähe. Teine populaarne maiustuste maitseaine on piment, mille maitse sarnaneb nelgi, kaneeli ja muskaatpähkli seguga. Nelk on mürtide sugukonda kuuluva igihalja puu avamata õienupud ja on veel üks tugevamaitseline vürts, mida Kreeka kokad kasutavad vähe.
Muud Kreeka vürtsid, mida kasutatakse magustoitude ja maiustuste maitsestamiseks, on kardemon, mis on ingveri perekonnast terav ja kompleksne vürts; koriandri seeme, mis on tuletatud kreeka sõnast koris; ja muskaatpähkel. Mahlab, mida nimetatakse ka St. Lucie kirsituumadeks või jahvatatud kirsikivideks, on mandli maitsega ning Kreeka pagarid kasutavad seda magusates leibades, eriti pühadepäevasaiades. Kaupmehed müüvad vaniljepulbrit klaasviaalides ning Kreeka kokad kasutavad seda maiustuste ja jookide maitsestamiseks.
Paljusid Kreeka vürtse, mida kokad maiustuste maitsestamiseks kasutavad, kasutatakse ka liha- ja köögiviljaroogades. Mõned neist hõlmavad koriandri seemneid ja muskaatpähkel. Sealiha, täidetud kapsast ja seeneroogi maitsestatakse koriandriga, muskaatpähkel aga lisab maitset vorstidele, kartuliroogadele ja pastitsiole, mis on béšamellikastmega kaetud liha- ja makaroniroog.
Muud Kreeka vürtsid, mida inimesed liha- ja köögiviljaroogade jaoks kasutavad, on karripulber, safran ja sumahk. Sumahk on mürgivaba sort ja kokad kasutavad seda lihapõhistes hautistes, riisiroogades ja mõnedes köögiviljaroogades. Köömned, mis on peterselli perekonda kuuluva üheaastase ürdi kuivatatud viljad, on iidne vürts ning Kreeka kokad kasutavad seda liha- ja köögiviljaroogade valmistamiseks. Must pipar on veel üks rahvusvaheliselt tuntud Kreeka vürtsidest, kuigi paljud Kreeka kokad kasutavad seda säästlikumalt kui paljudes teistes piirkondades.