Igas finants- või süsteemiauditis järgitakse nelja erinevat auditi etappi: planeerimine ja riskihindamine, sisekontrollide testimine, sisulised protseduurid ja lõpetamine. Nende auditi etappide eesmärk on pakkuda standardset protsessi, mida kasutatakse igas auditis. Enamikus organisatsioonides viib auditi läbi siseauditi osakond või välisaudiitor või raamatupidamisbüroo.
Planeerimise ja riskihindamise auditi etapid viiakse tavaliselt läbi enne eelarveaasta lõppu ja neid kasutatakse teabe kogumiseks. Audiitor võtab aega valdkonna, eeskirjade, arvestuspõhimõtete ja infosüsteemide tundmaõppimiseks. Selles etapis töötavad paljud audiitorid eemalt, kuna suurem osa sellest teabest on saadaval sõltumatutest allikatest.
Auditi tõhusaks planeerimiseks tuleb hinnata ja dokumenteerida selle üldist ulatust. Standardne finantsaudit piirdub jooksval perioodil toimunud tehingutega ja viiakse sageli lõpule kokkuvõtlikul tasemel. Tehingute arvu ja dollari väärtusi kasutatakse auditi väärtuste määramiseks kasutatava ülemise ja alumise piiri määramiseks. Auditi riskihinnangu määravad majandusharu, sisekontrolli tugevus ja juhtkonna tõstatatud probleemid.
Kõigist auditi etappidest üks olulisemaid on sisekontrollide testimise protsess. Neid protsesse ja protseduure kasutatakse selleks, et enne makse sooritamist või tehingute süsteemi sisestamist oleksid olemas nõuetekohased kinnitused. Sisekontrolli testimise esmane meetod on tehingute juhuslik valimine ja lähtedokumentatsiooni kontrollimine. Kui esinduslikust valimist juhusliku valiku käigus leitakse, et kontrollid olid nõrgad või puuduvad, tuleb valimi suurust suurendada.
Sisulised protseduurid on tegelik tehingute füüsiliste tõendite kogumise protsess ja kontrollitakse, kas konkreetsele kontole kantud väärtus on kinnitatud tegelike dokumentidega. See auditi aspekt on kõige aeganõudvam ja väga üksikasjalik töö. Seda tüüpi ülevaatuste jaoks valitud konto on erinev, kuid tavaliselt jälgib see erinevaid kõrge ja madala väärtusega tegevusi.
Auditi viimane etapp on lõpuleviimine. See on juhtkonnale aruande koostamine, mis võtab kokku kõik auditi läbiviimiseks kasutatud protseduurid, erinevate protsesside tulemused ja tõendavad dokumendid. Auditiaruannetel on olenevalt vaatajaskonnast kasutatud erinevaid vorminguid või paigutusi. Näiteks nõuavad enamik panku ärilaenu taotlemisel auditeeritud finantsaruandeid. Sageli on neil eelistatud vorming, mis muudab võrdlemise ja ülevaatamise protsessi lihtsamaks.