Tavalisi papagoi mutatsioone leidub linnu värvides, triipudes ja mustrites. Haruldasemad mutatsioonid hõlmavad hari papagoi pea peal või musta triibu üle kogu näo. Papagoidel võib olla üks mutatsioon või mitu mutatsiooni, mis annab pika nimekirja võimalikest papagoide välimuse variatsioonidest.
Looduslikus elupaigas on papagoide põhivärv roheline. Vangistuses kasvatavad aretajad paljude erinevate värvide ja märgistega papagoid. Need, keda kasvatatakse vangistuses ja müüakse lemmikloomadena, on sageli erksavärvilised viirpapagoid või viirpapagoid.
Valge ja kollane on viirpapagoide kaks põhivärvi. Põhivärvi tuvastatakse tavaliselt linnu pea mustade triipude vahel või sulgedest noka ja silmade ümber. Mutatsioonid põhjustavad papagoi värvi intensiivsust ja tooni. Valgepõhjaliste papagoide kehal on sageli segatud helesinise, sügavsinise ja violetse varjundiga. Kollastel papagoidel on kollase, kahvaturohelise, oliivi- või sügavrohelise toonid.
Triibutusest leitakse muid papagoi mutatsioone. Ühte tüüpi triibulist mutatsiooni nimetatakse kaneeliks. See mutatsioon muudab triibutuse tiibadel ja peas musta asemel pruunikaks. Ka papagoi kehal on mõnikord kaneelivärvi vihje.
Triibumismutatsioonide näited on ka opaline spangl ja topeltfaktoriga spangle. Opaalmutatsioonile on iseloomulikud õhemad mustad triibud ja paksemad valged alad kuklal. Spangle mutatsioon tähendab, et tavaliselt on mustad sulgede otsad valged. Kahefaktorilised spangle mutatsioonid võivad põhjustada papagoi kollaseks või valgeks muutumise.
Papagoi mutatsioone, mis ilmnevad suuremate mustritena, nimetatakse pied. Pied-mutatsioonide korral leitakse ühtne põhivärv piirkondades, millel on tavaliselt märgised. Neid tahkeid alasid tuntakse ka selgete sulgedena.
Domineeriva mutatsiooniga papagoi pea või tiibade piirkondades, millel on tavaliselt mustad märgid, on ühtlane värv. Teine näide on retsessiivne papagoi mutatsioon. Seda tüüpi mutatsioonil on ühevärvilised suled kõikjal, välja arvatud alaseljal tiibade vahel ja vahetult saba kohal. Kolmandat tüüpi papagoi mutatsiooni nimetatakse clearflightiks, mis tähendab, et papagoi lennusuled on selge või ühevärvilise värviga.
Mõned haruldasemad papagoi mutatsioonid põhjustavad ainulaadseid mõjusid. Näiteks haripapagoil on pea ülaosas väikesed suled, mis võivad välja näha nagu sassis parukas. Musta näopapagoil on must triip, mis katab kogu näo ja mõnikord kogu keha. Mõned papagoi mutatsioonid on mõlemal kehapoolel erinevad. Ühel küljel võivad olla sinised suled, teisel pool aga näiteks kollane ning triibud või mustrid võivad samuti mõlemal küljel erineda.