Erinevat tüüpi ohustatud kilpkonnad võib jagada kahte põhirühma. Mere- ehk merikilpkonnad seisavad meie ookeanides ja maismaal silmitsi tõsiste ohtudega pesitsuskohtade hävitamise ja kutselise kalapüügi tõttu. Ka mageveekilpkonnad, eriti Aasias, on elupaikade kadumise ja ebaseadusliku kaubanduse tõttu väljasuremisohus. Mitmed agentuurid ja organisatsioonid üle maailma töötavad selle nimel, et parandada nende liikide ellujäämisvõimalusi.
Seitsmest merekilpkonnaliigist kuus on ohustatud liikide seaduse (ESA) kohaselt ohustatud või ohustatud. Need liigid on kaljukilpkonnad, rohekilpkonnad, Kemp’s ridley kilpkonnad, nahkseljakilpkonnad, hawksbill kilpkonnad ja oliivikilpkonnad. Kuigi need ohustatud kilpkonnad elavad ookeanis, paarituvad nad ja munevad maismaale. Aladel, mida nad sageli selleks otstarbeks kasutavad, on elupaigad hävinud, mistõttu kilpkonnadel on raskem leida sobivaid alternatiive, kus nende munad saaksid ohutult kooruda. Muud merikilpkonnade populatsiooni vähenemise põhjused hõlmavad paatide löögi, kaubandusliku kalapüügi ja prahi lõksu jäämist.
Kuna need merikilpkonnaliigid elavad USA vetes, on riiklik merekalandusteenistus (NMFS) ja USA kala- ja looduskaitseteenistus (FWS) aktiivselt kaasatud nende liikide kaitsesse. NMFS tegeleb kaitsemeetmetega, mille eesmärk on vähendada veesõidukitega tabatud ja kalapüügi käigus püütud kilpkonnade arvu. FWS pakub nende ohustatud kilpkonnade pesitsuspaikadele kaitse- ja taastumismeetmeid. ESA annab neile liikidele täiendava õiguskaitse.
Mageveekilpkonnaliike kogu maailmas on mõjutanud elupaikade hävitamine ja muud populatsiooni vähenemise põhjused. See probleem tekitab Aasias mageveekilpkonnade jätkuva olemasolu jaoks suurt muret. Kõik selles piirkonnas esinevad liigid on ohustatud või ohustatud. Nende hulka kuuluvad sellised liigid nagu must tiigikilpkonn, neljasilmakilpkonn, Malaisia hiidkilpkonn, kollase äärisega kastkilpkonn ja kivikilpkonn.
Peamised ohud nendele ohustatud kilpkonnadele on ebaseaduslik metsloomadega kauplemine, elupaikade halvenemine ja jaht. Mageveekilpkonni püütakse sageli kinni ja müüakse turgudel liha, ravimite ja lemmikloomakaubanduse eesmärgil, kuigi on olemas seadused, mis seda tegevust keelavad. Aasia lõunaosa jahimehed püüavad neid ka kohaliku elanikkonna toitmiseks. Paljud alad, kus mageveekilpkonnad elavad, on hävinud metsatulekahjudes või muutunud põllumaaks.
Sellised organisatsioonid nagu Maailma Looduse Fond, Rahvusvaheline Looduskaitse Liit ja Kilpkonnade ellujäämise Liit teevad jõupingutusi, et tagada mageveekilpkonni ebaseadusliku kaubanduse eest kaitsvate seaduste rangem jõustamine. Muud kaitsemeetmed hõlmavad ohutute elupaikade leidmist või loomist. Need organisatsioonid aitavad ka rohkem inimesi neid liike ähvardavatest ohtudest teadlikuks teha.