Koerte entsefaliit tekib siis, kui ajupiirkonnas on turse ja see on seisund, mille korral koertel võib areneda koos teiste haigustega, kuid sellel on erinevad sümptomid. Nende sümptomite hulka kuuluvad palavik, pearinglus, isiksuse muutused ja letargia. Üks märguandemärke, et midagi on valesti, on muutus koera käitumises.
Koerte entsefaliidi sümptomid keskenduvad peamiselt pea ja selle ümbruses, kuna haigus põhjustab ajupõletikku. Sõltuvalt sellest, milline ajupiirkond on põletikuline, ilmnevad erinevad väljapoole suunatud sümptomid. Turse ajutüve surve võib mõjutada koera võimet sooritada toiminguid, mis nõuavad tasakaalu või koordinatsiooni. Isegi kõndimine võib olla häiritud ning koer võib muutuda kohmakaks ja armutuks. Selle ajuosa vaevused võivad põhjustada ka värinaid kogu koera kehas, mis võib lõppeda näoosa halvatuse või iseloomuliku pideva pea kallutamise.
Koer, kellel on entsefaliit, mis põhjustab aju ajuosa turset, näitab sageli erinevaid sümptomeid. Koer võib hakata rahutult ja pidevalt ringi käima või ilmutada depressiooni märke, näiteks huvi kaotus mänguasjade, tegevuste või kaaslaste vastu. Mõnel juhul võivad entsefaliit ja turse rohkem kui ühes ajupiirkonnas näidata mitut sümptomit ning hõlmata krampe ja isegi põhjustada koera koomasse langemist.
Koertel esineb entsefaliidi alajaotis, mis on põhjustatud plii tarbimisest, tavaliselt värvi kujul. Plii entsefaliit põhjustab ka ajuturset, kuid avaldub sageli esmalt väliste kõhulahtisuse ja oksendamise tunnustena. Seda täheldatakse kõige sagedamini kutsikate ja noorte koerte puhul, keda ei ole õpetatud mitte närima seinu ja muid esemeid, mis võivad sisaldada suures koguses pliid.
Kui koerte entsefaliit on põhjustatud bakteriaalsest infektsioonist, nimetatakse seda ka meningiidiks. Sellisel juhul põhjustavad bakterid infektsiooni, mille tagajärjeks on ajuturse ning selle seisundiga koer muutub sageli nõrgaks ja ebakindlaks, sümptomid, mida võib näha ka siis, kui ta lihtsalt jalutab. Ta võib kogeda ka seljavalu, mis tuleneb tema ajus tekkivast survest, ja ta võib muutuda tundlikuks selja puudutamise suhtes või tal võib olla raskusi lamades või end mugavalt tunda.
Entsefaliidi kahtluse korral võib veterinaararst teha vereanalüüsi, et teha kindlaks infektsiooni võimalus. Tavaliselt on ainus viis koerte entsefaliidi diagnoosimises kindel olla seljaaju koputamine. See on protseduur, mis võib selle seisundi all kannatavatele koertele kaasa tuua lisariske.