Elektroonilistel haiguslugudel on nii eeliseid kui ka puudusi, kuigi paljud väidavad, et positiivsed küljed kaaluvad üles negatiivsed. Kuigi investeering seda tüüpi süsteemi on alguses kulukas, väidavad enamik, et aja jooksul toob see kulu kaasa suurema kokkuhoiu nii meditsiinitöötajate kui ka haigekassade jaoks. Samuti kulub palju aega paberkandjal dokumentide elektrooniliseks teisendamiseks, kuid neid kirjeid on palju lihtsam jälgida ja otsida, kui see on lõpetatud. Kuid kõik, kes neid kirjeid kasutavad, peavad kasutama ühilduvaid süsteeme, vastasel juhul ei saa teavet jagada.
Meditsiiniliste dokumentide hoidmine elektroonilisel kujul võib säästa palju ruumi. Patsientide peal tohutute paberfailide salvestamise asemel on kõik dokumendid digitaalsed ja salvestatud kõvaketastele ja/või välistesse andmekeskustesse. See moodustab väikese protsendi füüsiliste kirjete salvestamiseks vajalikust ruumist. Lisaks, kuigi need ei muuda kontorit täiesti paberivabaks, vähendavad elektroonilised dokumendid meditsiiniasutuste, haiglate ja kindlustusseltside jaoks vajaliku paberi hulka.
Elektrooniliste haiguslugude eeliseks on ka kõigi tervishoiumeeskonna liikmete võimalus patsiendi ravi koordineerida. See aitab vältida tarbetuid kordusteste, takistab ravimite väljakirjutamist, millel võib olla halb koostoime, ja võimaldab kõigil meditsiinimeeskonna liikmetel mõista, milliseid lähenemisviise haigusseisundi ravimiseks kasutatakse. Keeruliste terviseprobleemidega inimene võib pöörduda mitme spetsialisti poole ja võib kergesti segadusse sattuda kattuvatest või vastupidistest nõuannetest. Kui eriarstid ja esmatasandi arstid kasutavad sama süsteemi, peaksid kõik meeskonnaliikmed olema teadlikud kõigi teiste meeskonnaliikmete tegevustest ja soovitustest.
Elektroonilised dokumendid võivad samuti aega säästa. Kui varasemaid dokumente sai faksida või e-postiga saata, oli paljudel juhtudel üldiselt ooteaeg. Kui meditsiinitöötajal on vahetu juurdepääs kogu patsiendi teabele, sealhulgas näiteks röntgeniülesvõtetele, laboritestidele ja teabele retseptide või allergiate kohta, on tal õigus tegutseda kohe. See võib olla eriti kasulik hädaolukordades, kus patsient ei saa äärmusliku haiguse või vigastuse tõttu vastata küsimustele oma haigusloo kohta.
Paljude tervishoiutöötajate käekiri võib olla raskesti loetav ja kuigi see on üldistus, võib ebaselge kirjutamine põhjustada vigu. Trükitud teave tekitab vähem tõenäoliselt segadust. Elektroonilised haiguslood ei välista aga juhuslikke kirjavigu, millel võivad olla ka tõsised tagajärjed. Loomulikult peab keegi süsteemi sisestama ka kogu patsiendi vana teabe, mis võib võtta palju aega ja lisada kirjetesse rohkem vigu. Samuti võib arst nende andmete ülevaatamiseks oma hõivatud ajakavast rohkem aega võtta.
Tegelikult tekitab elektrooniliste haiguslugude kasutamisega seoses muret see, et meditsiinitöötajatel võib nende programmide esmakordsel kasutamisel olla märkimisväärne õppimiskõver. Kehval masinakirjutajal võib uue teabe sisestamine tegelikult kaua aega võtta. Arstid peavad sageli olema oma arstid, eriti kontorikülastuse ajal, ja segadust tekitava tehnoloogia tõttu segane inimene ei pruugi olla patsiendi sümptomite või vajaduste suhtes nii tähelepanelik.
Enamikus kohtades pole elektrooniliste haiguslugude jaoks ühtset allikat või süsteemi, mistõttu erinevad haiglad ja arstid ei kasuta kõik sama programmi. See kustutab kõigi meditsiinimeeskonna liikmete vahetu teabe eelised, kuna üks programm ei pruugi teisega haakuda.
Mõned patsiendid väljendavad muret, et teised võivad digitaalseid kirjeid häkkida ja ära kasutada. Kuna üks esimesi arstiabiga seotud kaalutlusi on konfidentsiaalsus, võib jääda küsimus, kui paljudel inimestel võib olla juurdepääs inimese kõikidele haiguslugudele. Privaatse meditsiinilise teabe kuritarvitamine võib tekitada probleeme neile, kellel on tingimused, mida nad soovivad privaatsena hoida.
Nendele muredele vaatamata üritavad paljud meditsiinitöötajad ja haiglad nüüd oma dokumente elektrooniliseks vormistada. Siiski jääb ebaselgeks, kui kaua võtab aega vanade pika haiguslooga failide värskendamine. Samuti pole selge, millal ja kas erinevatel süsteemidel on võimalik üksteisega suhelda.