Ebanormaalsete emakakaelarakkude levinumad põhjused on infektsioon, põletik, viirused, nagu inimese papilloomiviirus (HPV) ja herpes, ning vähieelsed muutused. Ebanormaalsed rakud avastatakse tavaliselt rutiinse pap-määrimise käigus, mis on test, mida kasutatakse rakkude struktuuri muutuste tuvastamiseks. Emakakaela seinast võetakse rakuproov ja uuritakse. Enamik ebanormaalsete emakakaelarakkude põhjuseid ei põhjusta õige ravi korral vähi arengut.
Pärmseente infektsioonid võivad põhjustada papi määrdumise ebanormaalseks muutumist. Seda tüüpi infektsioonid on põhjustatud tupes esinevate bakterite taseme häiretest. Need ei ole tingimata seotud seksuaalse aktiivsusega ja võivad olla põhjustatud teatud retseptiravimitest.
Mis tahes tüüpi põletik või kõrvaltoime võib põhjustada emakakaela rakkude ebanormaalset esinemist. Põletik on keha reaktsioon mingile tajutavale vigastusele või ärritusele. Douches, tampoonid või isegi talk võib põhjustada põletikulist reaktsiooni.
Seksuaalne aktiivsus, eriti kui see on hiljuti toimunud, on ebanormaalsete rakkude teine potentsiaalne põhjus. See võib olla tegevusest põhjustatud põletiku tagajärg. Tavaliselt põhjustab see ainult ajutisi muutusi rakkudes.
Teine levinud ebanormaalsete pap-testi tulemuste põhjus on HPV. Termin HPV kirjeldab tegelikult seotud viirustüvede rühma; mõned tüübid võivad põhjustada kondüloomide teket, samas kui teised põhjustavad tõenäolisemalt emakakaela vähieelseid muutusi. Suurem osa HPV juhtudest ei põhjusta nähtavaid puhanguid ega sümptomeid. See on viirus, mida saab ravida, kuid mitte ravida.
Paljud ebanormaalsete emakakaelarakkude tüübid viitavad potentsiaalsele HPV-ga nakatumisele. ASCUSe või LSIL-i pap-testi tulemus viitab võimalikule HPV-le. ASCUSe tulemus tähendab, et rakud ei ole normaalsed, kuid need ei pruugi olla seotud konkreetse kõrvalekaldega. Kuna need võivad olla seotud suurte muutustega rakustruktuuris, tehakse mõnikord kolposkoopia.
Kolposkoopia on põhjalikum vaagnauuring, mis hõlmab kõigi ebanormaalsete emakakaela rakkude hoolikat uurimist. Eksami käigus visualiseerib arst kolposkoobiks nimetatava seadme abil emakakaela pinda. Kolposkoopia ajal võib teha biopsia. See protseduur hõlmab täiendavate laboriuuringute jaoks rohkem koeproovide võtmist.
Mõned muutused emakakaela rakkudes võivad viidata vähieelsele koele. Pap-testi tulemused näitavad tavaliselt suuri struktuurimuutusi ja need on kodeeritud kui HSIL. See tulemus ei tähenda, et vähk areneb, vaid risk on suurem. Tavaliselt tehakse seda tüüpi emakakaela rakkude ravi.
Lisaks pinnarakkudele eksisteerivad emakakaelas ka näärmerakud, mis võivad tagasi tulla ebanormaalsetena. Muutused nendes rakkudes viitavad tavaliselt potentsiaalselt tõsisele probleemile, näiteks vähile. Tavaliselt on vaja kolposkoopiat, et teha kindlaks, miks näärmerakud on muutunud.