Poodide turvalisus valmistab muret paljudele Interneti-jaemüüjatele. Seoses veebitehingute arvu suurenemisega suureneb ka veebirünnete ja -pettuste arv. Interneti-jaemüüjate jaoks on oluline vältida e-kaubandusega seotud probleeme, sest usalduse kaotamine veebimüüja vastu võib põhjustada ettevõtte tegevuse lõpetamise. Poodide turvalisus valmistab ostjatele muret ka peavalu ja raisatud aja pärast, mis tekivad identiteedivargusest või arvutikaaperdamisest tingitud probleemide lahendamisel.
Neli valdkonda moodustavad e-kaubanduse turvalisuse: privaatsus, terviklikkus, autentimine ja tagasilükkamatus. Privaatsus on protsess, mis hoiab ära volitamata isikute teabe vaatamise. Terviklikkus on sõnumi kaitsmise toiming, et seda ei saaks marsruudil sihtkohta jõudmiseks muuta. Autentimine tähendab, et saatev ja vastuvõttev arvuti peavad üksteist ära tundma ja identifitseerima. Keeldumine on tõend sõnumite vastuvõtmisest.
Suurimat muret tekitavad kuus erinevat e-kaubanduse turvariski vormi. Nõrk autentimine ja autoriseerimine on suur probleem. Selle probleemi tuvastamiseks on võimalik, et veebisait võimaldab kasutajatel teha mitu sisselogimiskatset ilma kontot lukustamata või see ei edasta seansi ID-sid üle turvapesa kihtide (SSL).
Teine levinud e-kaubanduse probleem on saidiülene skriptimine ehk XSS. Saididevaheline skriptimine töötab eeldusel, et me ei saa sageli aru, millel klõpsame või millega veebis nõustume. Saidiülese skriptimise korral kaaperdab pahatahtlik skript JavaScripti ja kuvab sageli kasti „Ok”, millel kasutaja saab klõpsata. Klõps võimaldab skriptil koguda seansiküpsiseid või isegi suunata brauser pahatahtlikule või andmepüügi veebisaidile. Seda tüüpi turvarikkumine toimub siis, kui inimesed usuvad, et nad logivad sisse oma panga või krediitkaardi veebisaidile, kuid satuvad tegelikult pahatahtlikule saidile, mis näeb välja identne sellega, mida nad usuvad külastavat.
SQL-i süstimine toimub siis, kui ründaja lisab kasutaja saadetud koodi oma pahatahtlikud SQL-meta märgid. Kui see kood ei lükata tagasi, võimaldab kasutajal olla tagaukse kaudu juurdepääs kaubandussaidile, mis võib saada juurdepääsu krediitkaardiandmetele ja muudele tehingute üksikasjadele. Hindadega manipuleerimine on veel üks kaubandusprobleem, mis on suunatud kaubandusveebisaidile. See võimaldab ründajal muuta hinda veebipõhises ostukorvis. See muudab makseteavet brauseri ja veebiserveri vahel liikudes.
Puhvri ületäitumine on põhiline e-kaubanduse turvaprobleem, mis ilmneb siis, kui ründaja ajab andmebaasi andmetega üle. Skript ei saa teavet töödelda ja genereerib veateate. Veateade määrab vea täpse asukoha, võimaldades ründajal pääseda juurde kaubandussaidi haldusalale. Kõige agressiivsem ja laastavam e-kaubanduse turvahaavatavus on see, kui veebirakendus ründab arvutit, võimaldades ründajal täita kasutaja arvutis oma operatsioonisüsteemi käske.