Düsleksia põhjused pole veel täielikult teada, kuid arvatakse, et need on suures osas pärilikud. Düsleksia muud põhjused võivad hõlmata kuulmiskahjustust varases lapsepõlves, mis võib põhjustada väga väikestel lastel sõnade ja tähtede sobivatest helidest valesti aru. Mõned eksperdid usuvad, et düsleksia tekib aju struktuuri või funktsioonide erinevuste tõttu. Düsleksiaga inimeste ajud võivad püüda töödelda kõne- ja kirjakeelt paremal ajupoolel, samas kui düsleksiaga inimeste ajud püüavad töödelda keelt vasakul poolel. Teised usuvad, et düsleksia tekib siis, kui aju tervikuna lihtsalt ei moodustu korralikult või et kõigi nende tegurite kombinatsioon võib olla düsleksia põhjuseks.
Mõned eksperdid arvavad, et väga väikeste laste kuulmiskahjustus võib põhjustada neil düsleksiat. Selle teooria argument on see, et need väikesed lapsed kuulevad ja tõlgendavad keele hääli valesti ning neil võib olla raskusi tähtede sobitamisega nende õigetele helidele.
Teised usuvad, et düsleksia peamised põhjused on aju arengu või toimimise probleemid. Mõned teadlased arvavad, et düsleksiaga inimeste aju lihtsalt ei moodustu korralikult, mistõttu ei teki normaalseks keele mõistmiseks vajalikke närviühendusi. Teised jälle arvavad, et düsleksiaga inimeste aju üritab tõlgendada keelt paremal ajupoolel. Arvatakse, et normaalsete inimeste aju tõlgendab keelt aju vasakus pooles, seega võib inimene, kes kasutab keele tõlgendamiseks paremat aju, olla oluliselt ebasoodsas olukorras.
Arvatakse, et pärilikkus on düsleksia üks peamisi põhjuseid. Teadlased usuvad, et geenide kombinatsioon võib olla seotud selle seisundi tekkega. Lisaks on leitud, et selle haigusseisundiga inimeste identsed kaksikud kannatavad tavaliselt ka selle all. Düsleksiaga inimestel on tavaliselt puudega vanem, vanavanem, tädi, onu või õde-vend. Paljud teadlased möönavad siiski, et düsleksia põhjused jäävad salapäraseks ja et mõned või kõik need tegurid, aga ka tegurid, mida pole veel tuvastatud, võivad haigusseisundit põhjustada.