Kõik ravimid ja vaktsiinid põhjustavad kõrvaltoimeid, kuigi mõnel juhul on need väga kerged ega pruugi ilmneda. Üldiselt on B-hepatiidi vaktsiini kõrvaltoimed kerged ja mitteohtlikud, kuid harvadel juhtudel võivad tekkida mõõdukad kuni rasked kõrvaltoimed. B-hepatiidi vaktsiin on rekombinantne vaktsiin, mis on valmistatud B-hepatiidi viiruse valkude sünteetilistest versioonidest. See ei ole elus ega tapetud viirus ega saa seetõttu põhjustada B-hepatiidi infektsiooni. See vaktsiin on ohutu peaaegu kõigile inimestele, sealhulgas imikutele, lastele ja vanematele inimestele.
B-hepatiidi vaktsiini kõige levinumad kõrvaltoimed on väga kerged ega ole ohtlikud. Ligikaudu 25 protsenti vaktsiini saanud inimestest tunneb süstekohas valulikkust. Umbes ühel inimesel 15-st on temperatuur 99.9 kraadi Fahrenheiti (37.7 kraadi Celsiuse järgi) või kõrgem.
B-hepatiidi vaktsiinil on palju muid võimalikke kõrvaltoimeid, millest enamik on haruldased või mitteohtlikud. Hingamisteede kõrvaltoimed, mis võivad tekkida, on köha, riniit, ülemiste hingamisteede infektsioon, gripilaadsed sümptomid ja astmataolised sümptomid. Esineda võivad nägemishäired, liigese- ja lihasvalu või -jäikus, lümfisõlmede turse ja kerged allergilised reaktsioonid. Ebanormaalsed maksafunktsiooni testid on aeg-ajalt esinevad kõrvalnähud; tõsisemaid maksaprobleeme, nagu vähk või maksahaigus, ei ole kõrvaltoimetest teatatud.
Rasked allergilised reaktsioonid B-hepatiidi vaktsiinile on äärmiselt haruldased, esinemissagedusega ligikaudu üks 1.1 miljonist. Allergilise B-hepatiidi vaktsiini kõrvaltoimete sümptomiteks on nõgestõbi või lööve, pigistustunne rinnus, hingamisraskused ning näo, huulte, keele või suu turse. Kui keegi, kes on saanud B-hepatiidi vaktsiini, kogeb neid kõrvaltoimeid, peab ta viivitamatult pöörduma kiirabi poole.
Muud potentsiaalselt rasked B-hepatiidi vaktsiini kõrvaltoimed hõlmavad närvisüsteemi, kardiovaskulaarseid ja immunoloogilisi kõrvaltoimeid. Kardiovaskulaarsete kõrvaltoimete hulka kuuluvad madal vererõhk, minestamine, südamepekslemine ja kiire südametegevus. Immuunsüsteemi võib mõjutada autoimmuunhaigus süsteemne erütematoosluupus ehk vaskuliit, mille puhul infektsioonikoha lähedal asuvad veresooned muutuvad põletikuliseks.
Pärast B-hepatiidi vaktsiini kasutamist võivad tekkida mitmed võimalikud närvisüsteemi kõrvaltoimed. Ajutised kerged sümptomid on peavalu, peapööritus, pearinglus, unetus ja unisus. Teised võimalikud tagajärjed on krambid ja põletikulised närvisüsteemi haigused, nagu entsefaliit ja müeliit. Hulgiskleroosi põdevatel inimestel võivad sümptomid pärast B-hepatiidi vastu vaktsineerimist halveneda.