Indoneesias on palju liike, mis on troopilise bioloogilise mitmekesisuse kuum koht. Indoneesia on suur piirkond ja riik Austraaliast põhja pool ja Kagu-Aasiast kagus. See koosneb 17,508 800,000 saarest, mis on jaotatud saarestikuks, millest suurimad on Uus-Guinea, Borneo, Sumatra, Sulawesi, Flores ja Timor. Uus-Guinea, Borneo ja Sumatra on vastavalt maailma suuruselt teine, kolmas ja kuues saar, hõlmates kokku rohkem kui XNUMX XNUMX ruutmiili. Indoneesia arvukate saarte isoleeritus aitab kaasa nende bioloogilisele mitmekesisusele, kuna igal saarel mitmekesisevad erinevad liigid ja on isoleeritud mandri kiskjatest.
Indoneesias on kaks peamist zoogeograafilist tsooni: Sundaland läänes ja Wallacea idas. Need on jagatud Wallace’i joonega, kujuteldava joonega, mis kulgeb Borneo ja Sulawesi vahel. Liinist läänes leidub peamiselt Aasiaga seotud liike, idas Austraalia liike. Kokku on umbes pool Indoneesiast asustamata, valdavalt on hõivatud vihmametsadega.
Sundalandis on 381 kohalikku imetajaliiki, millest 173 on endeemsed. Möödunud jääaegadel oli meretase piirkonnas piisavalt madal, et loomad võisid Aasia mandriosast saartele reisida. Seega võib siit leida tiigrit, ninasarvikut, elevanti ja leopardi. Kõige kuulsam Indoneesia endeemiline liik, orangutan, võib leida Borneol ja Sumatral, kus nad moodustavad kaks eraldi liiki. Need oranžid inimahvid on väga intelligentsed tööriistakasutajad, kuid neid ohustab inimtegevus ja elupaikade hävitamine. Ilusat Sumatra tiigrit, väikseimat tiigriliiki, võib leida ioonilaike üle saare, kus teda on vaid 500 isendit.
Veel kaks Indoneesiale endeemilist liiki on Sumatra ja Jaava ninasarvik, kaks kõige haruldasemat ja ohustatuimat suurt imetajaliiki maailmas. Neid on pikka aega jahitud nende sarvede pärast, millel on hiina meditsiinis väärtus. Sumatra ninasarvikuid on ainult umbes 300 ja jaava ninasarvikut vaid 60. Nende liikide populatsiooni taastumise tagamiseks on vaja teha olulisi kaitsealaseid jõupingutusi. Protsess võib kesta sajandeid.
Teisi Indoneesiale endeemilisi liike leidub Wallaceas, Wallace’i joonest ida pool asuvas piirkonnas. Wallaceal on 126 endeemilist liiki, sealhulgas seitse liiki makaaki, viis liiki tarsieri, anoa, haruldane pühvli alamperekond ja babirusa, sealaadne loom, millel on kaks kõverat sarve. Uus-Guinea saarel on Indoneesiale endeemilised liigid, nagu veider Goodfellow’s Tree-känguru, arvukad näriliste liigid, millest mõned on jala pikkused, kaunis paapua sarviklinikas ja kuulus Komodo draakon, suurim elav sisalik. Kuna ainsad kohalikud platsentaimetajad on nahkhiired ja hiired, on teised liigid, näiteks Komodo draakon, võtnud kasutusele nišid, mida suured platsentad oleksid muidu omaks võtnud.