Progesteroon, munasarjades toodetav steroidhormoon C-21, toimib naise menstruatsiooni ehk menstruatsioonitsükli alguse katalüsaatorina. Progesterooni mõju menstruatsioonile tuleneb selle pärssimisest teise hormooni, gonadotropiini vabastava hormooni (GnRH) poolt. Keskmine menstruaaltsükkel kestab 28 päeva ja umbes teisel kuni kolmandal tsükli nädalal, mida nimetatakse luteaalfaasiks, tõuseb progesterooni tase naiste kehas kiiresti. Kõrge progesterooni tase katab emaka endomeetriumi külalislahkeks limaskestaks, mis võimaldab embrüo implanteerida ja areneda. Kui implanteerimist ei toimu, pärsib GnRH progesterooni negatiivse tagasiside ahela kaudu ja progesterooni tootmise vähenemine põhjustab endomeetriumi eraldumist.
Progesterooni toime menstruatsioonile põhjustab normaalset menstruatsiooni ehk progesterooni ärajätuverejooksu. Progesterooni vähenemine naise tsükli alguses soodustab endomeetriumi väljutamist, kuna progesterooni kõrge tase vähendab emakalihase kontraktiilsust. Kui tase langeb, kui viljastumine pole toimunud, hakkab emakas krampi minema, sest progesteroon ei pärsi selle kokkutõmbumist. See on osa samast mehhanismist, mis kutsub esile kontraktsioone, kui naine on valmis sünnitama. Raseduse lõpus langeb progesterooni tase, mis seejärel alustab sünnitust.
Progesterooni tootmist munasarjades käivitab kolmas menstruatsiooniga seotud hormoon, mida nimetatakse luteiniseerivaks hormooniks (LH). Progesterooni toime menstruatsioonile algab siis, kui hüpofüüs hakkab tootma LH-d, mis põhjustab progesterooni tõusu luteaalfaasis. Selles faasis käivitab aktiveeritud LH munaraku vabanemise folliikulist, mida nimetatakse ovulatsiooniks. LH jätkuva suunamise all moodustub munadeta folliikul kollaskehaks ja just kollaskeha on progesterooni spetsiifiline generaator munasarjas. See struktuur jätkab progesterooni tootmist, kuni tasemed on piisavalt kõrged, et inhibeerida GnRH-d, mis kooskõlas negatiivse tagasiside ahelaga põhjustab progesterooni taseme langust, kutsudes esile menstruatsiooni.
Progesterooni uuritud mõju tõttu menstruatsioonile on rasestumisvastased tabletid (BCP) usaldusväärne rasestumisvastane vahend. Enamik BCP-sid sisaldavad progesterooni või progesteroonitaolisi aineid, mis reguleerivad naise tsüklit ja tagavad, et GnRH inhibeeritakse õigel ajal, et vältida ovulatsiooni takistavat LH tõusu kesktsüklis. Viljastumine ja rasedus on sellises olukorras võimatud, sest folliikulist ei eraldu munarakku, millest võiks areneda embrüo.