Östrogeen on hormoon, mis domineerib naistel menstruaaltsükli esimeses osas, samas kui progesteroon kipub domineerima teises osas, vahetult pärast ovulatsiooni. Mõlemad hormoonid peavad olema tasakaalus, et rasestuda, mistõttu on liiga vähesel või liigsel östrogeenil negatiivne mõju viljakusele. Kui seda hormooni on liiga vähe, võib emaka limaskest olla raseduse kandmiseks liiga õhuke ja võib isegi ovulatsiooni täielikult peatada. Liiga palju östrogeeni võib põhjustada libiido langust ja isegi reproduktiivprobleeme, nagu PCOS või endometrioos. Östrogeeni mõju viljakusele võib täheldada ka meestel, kuna mõnel inimesel on seda hormooni liiga palju.
Menstruaaltsükli esimest poolt kontrollib östrogeen, mis võimaldab kehal ovulatsiooni tsükli keskpaiga suunas. Kui östrogeeni ei ole piisavalt, ei toimu tõenäoliselt ovulatsiooni ega vabasta munarakke. Naine saab tavaliselt aru, et tal ei ole ovulatsiooni regulaarselt, kui ta ei märka kogu tsükli jooksul palju emakakaela lima, samuti lakkab igakuine menstruatsioon, mis näitab, et ebapiisav östrogeenisisaldus avaldab viljakusele negatiivset mõju. Lisaks võivad tal esineda kuumahood, öine higistamine ja peavalu. Madal östrogeenitase on tavaliselt põhjustatud liiga kõhnast kehast, liiga palju treenimisest või haigusseisundist, mis ei võimalda munarakkude vabanemist.
Kuigi liiga vähesel östrogeenil on ilmne mõju viljakusele, on ka teada, et liiga palju östrogeeni võib kahjustada ka viljakust. Umbes poolel tsüklil, vahetult pärast ovulatsiooni, peaks hormoon progesteroon võimust võtma ja tsükkel lõpeb kas rasedusega või emaka limaskesta lagunemisega menstruatsiooniga. Liiga palju östrogeeni võib põhjustada liiga vähe progesterooni ja põhjustada ka meditsiinilisi probleeme, mis ei soodusta regulaarset ovulatsiooni, nagu endometrioos, PCOS, emaka fibroidid ja emakavähk. Lisaks võib östrogeeni domineerimine oluliselt vähendada libiidot, mille tulemuseks on tavaliselt vähem vahekordi ja vähem võimalusi rasestuda. Liigne östrogeenisisaldus on tavaliselt tingitud ülekaalust, valest toitumisest ja liigsest stressist.
Meeste kehas on väike kogus östrogeeni, mida sageli tasakaalustab palju testosterooni. Mõned mehed toodavad seda hormooni liiga palju või võtavad seda teatud meditsiiniliste probleemide lahendamiseks kunstlikult. Kahjuks on östrogeenil negatiivne mõju meeste viljakusele, näiteks madal libiido ja madal spermatosoidide arv. Seetõttu on oluline see probleem lahendada, et rasestumine oleks tõenäoline.