Apteegi raamatupidaja vastutab seda konkreetset tüüpi äritegevuse finantskohustuste kajastamise, säilitamise ja vastavusse viimise eest. Keskmine apteegi raamatupidaja kohustus hõlmab summade jälgimist, mida apteegiomanikud võlgnevad teistele müüjatele. See töö nõuab ka, et raamatupidajad registreeriksid iga kliendi kontol kõik tasumata saldod. Need raamatupidajad hoiavad oma kliente ka kursis kõigi olemasolevate igal aastal tasutavate ettevõtlusmaksukohustustega. Muud raamatupidaja nõuded võivad hõlmata laoarvestuse pidamist ja ettevõtte tehnikute ja apteekrite palgakontrollide koostamist.
Tavalisel apteegi raamatupidajal on head taustateadmised kohalikest ja riiklikest maksueeskirjadest, kuna need kehtivad selles konkreetses tööstusharus. Apteekidel lasub mõnikord rohkem maksukohustusi kui muudel ettevõtetel ja tavaliselt aitab kogenud raamatupidaja omanikel õigeaegseid makseid teha, vältides trahve. Mõned kohustused hõlmavad ka apteegiomaniku jaoks plaani koostamist iga-aastase kasumi suurendamiseks ja tarbetute tegevuskulude vähendamiseks.
Lisaks maksude esitamise protseduuridele sisaldab ametijuhend rutiinseid raamatupidamiskohustusi, et jälgida ettevõtte tulusid ja kulusid. Need raamatupidajad peavad tavaliselt igakuiste deebetide ja krediitide ning eelseisvate maksekuupäevade pearaamatuid. Kuna apteegid väljastavad sageli ravikindlustuspoliisiga kaetud ravimeid, peab ka apteegi raamatupidaja enamasti sedalaadi andmeid registreerima. Nendes finantsaruannetes loetletakse tavaliselt summad, mida klientide kindlustusplaanid maksavad, võrreldes mis tahes ülejääva summaga, mis tuleb apteeki maksta.
Apteegi raamatupidajatel võib olla muid tööülesandeid, mis nõuavad olemasolevate ravimite laoseisude vastavust tarnijatele makstud summade kirjetega. Suuremad apteegid võivad füüsilise inventuuri tegemiseks ja raamatupidajale selle teabe esitamiseks palgata eraldi inventuurispetsialisti. Raamatupidaja registreerib tavaliselt iga apteegikauba numbrid ja veendub, et iga kauba hinnad liidetakse õigesti. Samuti peavad raamatupidajad teadma, kust leida levinud arvestusvigu ja kuidas neid parandada. Väiksemate laovarudega apteegid võivad nii füüsilise laoseisu kui ka finantsarvestuse jätta raamatupidaja hooleks.
Palgaarvestus on apteegi raamatupidaja teine levinud kohustus. Paljud apteegid nõuavad, et raamatupidaja jälgiks töötajate töötunde, individuaalseid palgamäärasid ja tavaliselt kinnipeetud palgamakse. Selline tööülesanne hõlmab sageli töötasude ettevalmistamist, väljastamist ja registreerimist apteegi määratud palgapäevadel. Raamatupidaja võib korraldada ka elektroonilisi otsemakseid apteegi töötajate pangakontodele.