Üldjuhul on auditijuhi esmaseks ülesandeks auditiosakonna tegevuse järelevalve. See osakond tagab finantsaruannete vastavuse poliitikatele, seadustele ja määrustele. Juhataja vastutab erinevate ülesannete planeerimise eest alates juhtimistasandist ning vajadusel delegeerib töid alluvatele. Tavaliselt kuuluvad tema ülesannete hulka auditite läbiviimine vastavalt tööstusharu aktsepteeritud auditeerimistavadele, töötajate palkamine ja koolitamine ning auditeerimisprotseduuride vastavuse tagamine seaduslikele nõuetele.
On organisatsioone, millel on oma siseauditi meeskonnad. Sellistes organisatsioonides kavandab ja juhib auditi ülesandeid auditijuht. Auditi läbiviimisel on juhi kohustus finantsdokumente põhjalikult uurida ja tagada nende õigsus. Varasemate suurte finantspettuste ja raamatupidamise ebaaususe tõttu on auditijuht kohustatud tagama, et tema meeskond rakendaks finantsaruannete üle ranget kontrolli, et säilitada kõrge aususe tase.
Lisaks seaduste, põhimõtete ja eeskirjade järgimise tagamisele võidakse auditijuhilt nõuda uurimise läbiviimist, kui väidetavalt on pettus. Pettusteema on raskete tagajärgedega ja juht peab olema oma kontrollis põhjalik. Kui see paljastatakse, on juhi kohustus asjakohastele asutustele teada anda.
Spetsialiseerumine on ka auditeerimise aspekt. Näiteks võib juht omandada teadmisi mõnes valdkonnas, näiteks infotehnoloogias. Andmehaldust teostab ja kontrollib üldjuhul näiteks juht, kellel on selles valdkonnas kogemusi. Seejuures tagab ta muu hulgas, et tundlikud andmed ei läheks kaduma ega nendega manipuleeritaks.
Mõnel organisatsioonil ei ole siseaudiitoreid ja nad tuginevad peamiselt sellele valdkonnale spetsialiseerunud ettevõtetele. Kui organisatsioon palkab auditeerimisteenuseid pakkuva ettevõtte, on protsessi üle järelevalve teostamiseks olemas auditi juht. Juht tutvub finantsaruannetega, et veenduda, et eeskirjade eiramisi pole. Lisaks analüüsib ta organisatsioonis kasutatavaid kontrolle ja hindab seega nende tõhusust ja tulemuslikkust.
Auditijuht võib töötada ka valitsuse heaks. Selles rollis võib juht vastutada erinevate tegevuste järelevalve eest. Nende hulka kuuluvad eraisikute ja ettevõtete auditid, eriti kui kahtlustatakse maksudest kõrvalehoidumist, rahapesu või muid kuritegusid.
Kõige sagedamini nõuavad auditijuhi töökohad, et kandidaadil oleks siseauditi või raamatupidamise kraad, eelistatavalt kraadiõppes. Lisaks võidakse tal nõuda ühte mitmest valdkonna sertifikaadist. Nende hulka kuuluvad sellised nimetused nagu Certified Internal Auditor (CIA), Certified Internal Systems Auditor (CISA) ja Certification in Control Self-Assessment (CCSA).