Probiootiliste jookide valimisel tuleb arvesse võtta mitmeid olulisi tegureid, sealhulgas toodet valmistav ettevõte, joogi eeldatav säilivusaeg ja joogis sisalduvate probiootikumide tüüp. Enamasti arvatakse, et need joogid on kõigile ohutud ja tõhusad ning mõned joogid on valmistatud ainult lastele mõeldud probiootikumidega. Probiootiliste jookide tarbimisega on seotud mitmeid tervisega seotud eeliseid, näiteks immuunsüsteemi tugevdamine, seedesüsteemi reguleerimine ja tavaliste seedeprobleemide, nagu kõhulahtisus, ravi. Probiootilisi smuutisid, eriti neid, mis on spetsiaalselt valitud teatud probiootikumide jaoks, on kasutatud ka soori ja puhituse raviks. Eksperdid soovitavad hoolikalt läbi vaadata joogis sisalduvad probiootikumide tüübid, et valida inimese vajadustele vastav õige.
Probiootiliste jookide valikul on väga oluline tootmisettevõtte maine ja kogemus. Enamikul juhtudel postitatakse nende ettevõtete veebisaitidele või reklaamvoldikutele teave, mis kirjeldab nende järeldusi teatud tüüpi probiootikumide tõhususe kohta konkreetsete terviseprobleemide korral ja kuidas ettevõte oma tooteid koostab. On tavaline, et kaasatakse ka teave probiootikumide kasuliku mõju kohta maos happelisuse ja liigse soolasapi vastupanuvõimele. Paljud inimesed otsustavad konsulteerida oma arsti või apteekriga, et saada soovitusi selle kohta, millist marki probiootilisi jooke osta.
Pole ebatavaline, et tarbijad ostavad raha säästmiseks ja mugavuse huvides suurtes kogustes probiootilisi smuutisid ja jooke. Sel juhul tuleb kindlasti valida pika säilivusajaga probiootiline toode. Kvaliteetseid probiootikume ja muid koostisaineid ei pea enne avamist külmikusse hoidma, eeldusel, et tootel on stabiilne säilivusaeg. Mõningaid probiootilisi jooke võib külmas säilitatuna leida ka lähikauplustes ja muudes jaemüügikohtades. See on mugavuse huvides ja see ei pruugi kajastada toote kvaliteeti.
Paljud inimesed võtavad õige valiku valimisel arvesse ka joogis leiduvaid probiootilisi tüüpe. Erinevaid haigusseisundeid ja häireid saab parandada spetsiifiliste probiootikumide tarbimisega. Tarbijal soovitatakse uurida, millised probiootikumid sobivad tema vajadustele kõige paremini, ja vastavalt sellele valida toode. Üldreeglina soovitatakse, et probiootilised joogid ei sisaldaks ühe portsjoni kohta rohkem kui miljardit mikroorganismi. Pärast soovitatud kuupäeva tarbitud tooted ei pruugi olla nii tõhusad kui valmistamise ajal.