Kasvuhoone peab läbima valgust, hoidma soojust ja taluma raskeid ilmastikuolusid. Kasvuhoone ehitamiseks kasutatavate paneelide tüüp on ülioluline ning parimate kasvuhoonepaneelide valimisel tuleb arvestada ka paigalduse, hoolduse ja eelarvega. Kasvuhoonepaneelid on valmistatud klaasist, klaaskiust või polükarbonaadist. Igal neist on eelised ja puudused. Arvestades eelarvet ja hooldust ning valguse ja soojuse neeldumist, teevad polükarbonaadist kasvuhoonepaneelid kasvuhoone valgustamiseks ja kütmiseks parimat tööd, jäädes samas vastupidavaks ja kergesti hooldatavaks.
Klaas on populaarne kasvuhoonepaneelide materjal, kuna see laseb kõige paremini valgust läbi. See on ka vastupidav ning paljud peavad klaaskasvuhoonepaneele esteetiliselt kõige meeldivamaks. Klaasi negatiivne külg on aga see, et selle paigaldamine ja raamimine võib olla väga kulukas, kuna see on raske ja habras. Kui päevasel ajal laseb see sisse palju valgust, siis klaaspaneelidele vajalik metallkarkassmaterjal ei isoleeri hästi, mistõttu soojus läheb kergesti kaduma. Samuti on võimalik, et klaaskasvuhoone läheb korralikult õhutamata liiga kuumaks, mis võib taimedele saatuslikuks saada.
Klaaskiust kasvuhoonepaneelid on ühed kõige odavamad valikud ning neid on suhteliselt lihtne paigaldada ja asendada. Klaaskiud on ka tugevam kui klaas ja talub paremini rahet. Klaaskiuga on probleemiks see, et aja jooksul võib see kollaseks muutuda ja ei lase nii palju valgust sisse, mistõttu tuleb paneelid välja vahetada või lisaküttekehasid kasutada. Puhastamine võib olla keeruline, eriti gofreeritud klaaskiudpaneelide puhul, ja mõned inimesed peavad seda tüüpi paneele ebaatraktiivseks ja neid on raske maastikukujundusega segada. Teine klaaskiust kasvuhoonepaneelide probleem on kõrge süttivus ning paneelide lõikamisel ohtlikest kiududest tingitud kaitseriietuse ja -maskide vajadus.
Polükarbonaadist kasvuhoonepaneelidel on mitu samu eeliseid kui klaaskiust, kuid ilma süttivuse ja kiuprobleemideta. Lisaks laseb polükarbonaat sisse rohkem valgust kui klaaskiud ja kuigi miski ei lase nii palju valgust kui klaas, hajutab polükarbonaat valgust, mis loob taimede kasvatamiseks optimaalse keskkonna. Polükarbonaadi soojuspidavus ja isolatsiooniomadused on suurepärased ning seda saab katta ultraviolettbarjääri lahusega, mis aitab vältida aja jooksul pleekimist. Kuigi polükarbonaat ei ole nii esteetiliselt meeldiv kui klaas, on see palju eelarvesõbralikum ja hõlpsamini hooldatav ning kestab aastaid ilma purunemise või tugeva raamimise vajaduseta.