Õigete hüdropooniliste toitainete valimine nõuab kasvatatavate taimede tüüpide, inimese eelarve ja kasutatava hüdropoonilise aiandussüsteemi hoolikat analüüsi. Erinevad taimed vajavad erinevat pH tasakaalu ja ka lämmastiku taset. Lisaks söödavate taimede tüübi arvestamisele mõjutab ostetavate toitainete valikut ka kasutatava hüdropoonilise süsteemi tüüp. Hüdropoonilised süsteemid on varustatud kas tilkniisutussüsteemide või üleujutus- ja äravooluvõimalustega. Kõik need tegurid on olulised hüdropoonilise aia jaoks ideaalsete vedelate taimetoitainete valimisel.
Iga taimetüüp nõuab sageli teatud tüüpi olulisi toitaineid ja õige valimiseks on oluline uurida taimi, mida kasvataja kavatseb kasvatada. Erinevat tüüpi hüdropoonilised toitained pakuvad ainulaadseid võimeid, näiteks aitavad luua sügavaid juuresüsteeme, soodustavad aromaatsemate lillede teket ja soodustavad kiiret kasvu. Inimesed, kes soovivad kasvatada tootlikke köögiviljataimi, valivad tõenäoliselt olulisi toitainete kombinatsioone, mis on loodud selleks, et soodustada kiiret kasvu ja oodatava saagikuse kõrget saaki. Aednikud, kes otsustavad kasvatada õitsvaid ja mitteõitsevaid dekoratiivtaimi, ei vaja nii palju lämmastiku- ja vitamiinirikkaid hüdropoonilisi taimetoitaineid ning otsivad tooteid, mis pakuvad seda tüüpi mittesöödavatele taimedele eriti kasulikke toitaineid.
Hüdropoonilisi toitaineid valides peab aednik silmas pidama ka kasutatavat aiandussüsteemi. Enamikul juhtudel pakub aiandussüsteemiga kaasas olev teave soovitusi spetsiaalselt seda tüüpi süsteemi jaoks, olgu selleks siis tilguti või üleujutus- ja äravooluvõimega süsteem. See teave soovitab ka parimaid vee ja toitainete segu suhteid erinevate taimede jaoks, mida soovitatakse süsteemiga kasvatada.
Soovitud hinnavahemik on oluline kaalutlus ka hüdropooniliste toitainete valikul. Paljud aianduseksperdid soovitavad, et hüdropooniline aiandus võib olla koduaedniku jaoks üks kõige kallimaid võimalusi. Need eksperdid soovitavad tavaliselt valida toitainete varude eelarve ja leida parimad võimalikud tooted, mis sobivad eraldatud kogusega. Uskumatult odavaid hüdropoonilisi toitaineid tavaliselt ei soovitata, kuna need ei ole tavaliselt valmistatud kvaliteetsetest koostisosadest, kuid mõõduka hinnaga valikud on sageli võrreldava kvaliteediga kallite kaubamärkidega. Õige hüdropoonilise toitainesegu valimine on vajalik tervete taimede kasvatamiseks ja eduka aiapidamise tagamiseks.