Mikrobioloogia veebikursuseid pakutakse mitmel erineval haridustasemel ja need on kursuse läbimiseks vajaliku töö mahu poolest väga erinevad. Kursustel on ka suured hinna- ja kvaliteedierinevused. Kui inimene ei võta mikrobioloogia kursust lihtsalt õppimise pärast, on veebipõhise mikrobioloogiakursuse valimisel kõige olulisem kaaluda, kas kursus vastab üldise haridusliku eesmärgi nõuetele. Enamikul juhtudel on veebipõhist mikrobioloogiakursust otsiva üliõpilase üldine hariduslik eesmärk üleminek terviseteaduste programmi, näiteks registreeritud õendus-, litsentseeritud praktilise õenduse või laboritehnoloogia kursusele.
Kursuse üleviimisega seotud probleemide minimeerimiseks tuleks kõik veebikursused, mida üliõpilane kaalub, võtta piirkondlikult akrediteeritud asutusest. Lisaks soovivad enamik terviseteaduste programme, et põhiteaduslikud kursused, nagu mikrobioloogia, sisaldaksid laborikomponenti. Seda on veebipõhisest mikrobioloogiakursusest keerulisem, kuid mitte võimatu leida. Mikrobioloogialaboris on tavaliselt teatud tegevused, mis pole kaugõppe kaudu kättesaadavad. Näiteks on bakterite kasvatamine mikrobioloogialaboris tavaline praktika, kuid seda ei peeta kodus ohutuks tegevuseks.
Mõned koolid lahendavad selle probleemi, pakkudes veebis ainult mikrobioloogiakursuse klassitöö osa. Õpilane peab läbima laborikomponendi kohalikus koolis. See vähendab mõnevõrra võrguvaliku mugavust. Teised koolid pakuvad kodulaborit, pakkudes laenutusmikroskoope ja saates õpilastele vaatamiseks eelnevalt fikseeritud slaidid. See võib olla parem valik õpilasele, kes ei saa kohalikku kooli reisida, kuigi tõenäoliselt suurendab see mõnevõrra kursuse hinda.
Teine tegur, mida õpilased peaksid veebipõhise mikrobioloogiakursuse valimisel arvestama, on meetod, mida kool teadmiste hindamiseks kasutab. Mõned koolid kasutavad veebipõhist testimissüsteemi, mis on tavaliselt ajastatud selleks, et vältida muude materjalide ulatuslikku kasutamist. Teised koolid nõuavad, et õpilased leiaksid oma prokuröri ja sooritaksid veebipõhise testi, mida jälgib prokurör. See võib märkimisväärselt suurendada kursuse jaoks kuluvat kodust väljas viibimise aega, mistõttu ei pruugi see olla hea valik õpilastele, kelle ajakavas on vähe paindlikkust.
Lõpuks, mikrobioloogia veebikursust valides peaks üliõpilane küsima veebiklassi õpilaste arvu kohta. Kuigi klassiruumi suur suurus võib tavapärases klassiruumis lisaabi vajavale õpilasele keeruliseks osutuda, takistab see veebiharidusega õppimist veelgi. Küsige ka, kas juhendaja on saadaval ainult meili või telefoni teel. Ideaalis pakub hea veebipõhine mikrobioloogiakursus juhendaja, kellele õpilane saab tavapärastel töötundidel abi või küsimustega helistada.