Võib-olla on parim viis spaa desinfitseerimiseks seda pärast iga kasutamist tühjendada, kuid tavaliselt pole see võimalik ega ka keskkonnasõbralik. Vannis võivad areneda suplejate bakterid, mistõttu on vaja kasutada spaa desinfitseerimisvahendit, et tappa potentsiaalselt kahjulikud bakterid ja hoida spaa seadmed korralikult töökorras. Kloor on võib-olla kõige sagedamini kasutatav spaapuhastusvahend ja kuigi see hävitab tõhusalt baktereid, võib see olla karm nahale ja silmadele. Saadaval on ka muud võimalused, näiteks broom, ja broom ei ole nahale nii söövitav kui kloor.
Kloor spaapuhastusvahendina on üsna odav ning seda on lihtne kiiresti ja tõhusalt spaasse lisada. See tapab enamiku vannis olevatest bakteritest ja võib isegi aidata hägune vesi teatud määral puhastada. Igaüks, kes on suplenud mullivannis või basseinis, tunneb aga ära kloori iseloomuliku lõhna. Selle spaapuhastusvahendi lõhn võib olla valdav ja ebameeldiv ning kloor kuivatab tõenäoliselt suplejate naha, põhjustades sügelust ja isegi punetust. Kloor võib põhjustada ka silmades põletustunnet, mistõttu paljud suplejad püüavad võimalusel kloori vältida.
Broom on hea alternatiiv kloorile spaapuhastusvahendina. Samuti on see üsna odav ja lihtne lisada spaavette ning erinevalt kloorist jääb broom vees aktiivseks palju pikemaks ajaks. Kuigi broomil võib olla lõhn, ei ole see tavaliselt nii ülekaalukas kui kloori oma. Võimalik, et broomi suurim puudus on selle kalduvus alandada vee pH taset. See tähendab, et spaa omanik või seadet hooldav isik peab kulutama rohkem aega spaa vee jälgimisele ja pH taseme reguleerimisele, et hoida seda ohutu ja mugavana.
Mineraalpuhastid on suhteliselt uued spaapuhastusvahendid ja need on nahale vähem söövitavad, rääkimata erakordselt kauakestvatest. Seda tüüpi desinfitseerimisvahendid on tavaliselt pulga kujul ja need sisestatakse spaa filtritesse. Seda tüüpi spaapuhastusvahendite üks suurimaid puudusi on hind: mineraalsed puhastid on tõenäoliselt palju kallimad kui nii kloor kui ka broom. Kuigi need võivad olla tõhusad bakterite tapmisel, on need tõenäolisemad kui kloor ja broom, mis tähendab, et vesi ei pruugi olla nii usaldusväärselt puhas.