Veebisaidi jaoks avatud lähtekoodiga otsingumootori valimine võib olla keeruline, osaliselt seetõttu, et väljastpoolt näitavad need kõik otsingutermini põhjal asjakohaseid tulemusi, seega tunduvad nad kõik sarnased. Täiendava indeksi olemasolu, mis suudab uusi kirjeid dünaamiliselt indekseerida, ei lase administraatoritel kogu indeksit uuesti luua. Stoppsõnad, eriti suurte veebisaitide puhul, on avatud lähtekoodiga otsingumootori jaoks võimsad tööriistad, kuna need võimaldavad kasutajatel tulemusi piirata. Häguotsingu funktsioon tähendab, et otsingumootor suudab märksõna põhjal leida sarnaseid tulemusi, kuigi need ei kattu täpselt märksõnaga. Pingereasüsteemid määravad iga kirje kuvamise ja peaksid kajastama põhiveebisaidi toimimist.
Kui kasutatakse avatud lähtekoodiga otsingumootorit, laaditakse register kõigi erinevate kirjete ja veebisaitidega, mida saab otsingumootori kaudu otsida. Kuigi see loend on tavaliselt pikk, pikeneb see tavaliselt veebisaidi kasutamisel. Kui indeks peab kasvama, peab administraator tavaliselt kogu indeksi uuesti looma ning lisama kõik uued veebisaidid ja kirjed; see võtab aega ja palju ressursse. Kasvava indeksi korral lisatakse uued kirjed dünaamiliselt ja pole põhjust kogu indeksit uuesti luua; administraator peab ainult uue teabe lisama.
Kui keegi sisestab avatud lähtekoodiga otsingumootorisse otsingutermini, saab ta tavaliselt asjakohaseid tulemusi. See ei ole alati nii ja tulemused võivad kalduda ebaolulise teabe poole. Näiteks kui kasutaja otsib piraate, võib ta leida ainult piraatide filmide veebisaite, mitte aga ajaloolist teavet piraatide kohta. Stoppsõna võimaldab kasutajal panna sõna ette märgi “-“, mis käsib otsingumootoril blokeerida seda märksõna sisaldavad tulemused.
Hägune otsingufunktsioon kõlab halvasti, kuid see on kasulik tööriist, mida paljud avatud lähtekoodiga otsingumootoriprogrammid kasutavad. Ilma selleta saab otsingumootor otsida ainult veebisaite ja loendeid, mis kajastavad otseselt märksõna. Hägune otsing toob märksõnaga sarnased tulemused, nii et kasutaja saab laiemaid tulemusi.
Avatud lähtekoodiga otsingumootori järjestussüsteem on see, kuidas otsingumootor määrab asjakohasuse. Mõned otsingumootorid võtavad asjakohasuse aluseks märksõna kasutuskordade arvu, kirje või veebisaidi loomise ajal, ühele veebisaidile osutavate linkide arvu või muude suvaliste väärtustega. Administraator peaks valima otsingumootori, mis kajastab veebisaidi enda toimimist. Näiteks kui peamine veebisait võimaldab kasutajatel kirjeid postitada, töötab kuupäevapõhine otsingumootor tavaliselt kõige paremini.