Kuigi uurimistöö õige ülesehitus võib distsipliiniti erineda, koosneb see üldiselt neljast põhiosast: sissejuhatus, põhiosa, järeldus ja viidete loend. Teadmine, kuidas uurimistöö osi struktureerida, võib aidata kirjutamisprotsessi lihtsustada. Sissejuhatuses tuleks esitada töö põhiargument ehk tees ja liikuda üldisest teabest spetsiifilisema teabe juurde. Põhitekst peaks koosnema eraldiseisvatest lõikudest või osadest, millest igaüks kaitseb väitekirja uuel viisil, ning järeldus peaks võtma töö kokkuvõtte ja mõnel juhul soovitama, kus võib vaja minna täiendavaid uuringuid. Lõpuks tuleks viited üldiselt loetleda tähestikulises järjekorras ja need tuleks vormindada vastavalt ülejäänud paberil kasutatud stiilile.
Uurimistöö üks olulisemaid osi on sissejuhatus, mis valmistab lugeja ette sellele järgnevaks teabeks, sõnastades töö lõputöö. Olenevalt referaadi pikkusest ja juhendaja antud nõuetest võib sissejuhatus koosneda ühest lõigust või mitme lõigu osast. Hästi voolava sissejuhatuse loomiseks võib olla kasulik liikuda üldisest konkreetseni. Näiteks õpilane, kes kirjutab uurimistööd, väites, et päikeseenergia on parim taastuvenergia vorm, võib alustada sissejuhatust mõne taastuvenergia kohta üldist taustteavet andva lausega ja seejärel esitada oma argumente.
Põhilõigud on uurimistöö osad, mis esitavad tõendeid, mis toetavad kirjutaja väitekirja. Iga põhilõik peaks olema iseseisev üksus, mis käsitleb paberi argumendi eraldi osa. Näiteks võib päikeseenergia poolt vaieldav paber sisaldada ühte põhilõiku, mis selgitab, et päike on usaldusväärne energiaallikas, ja seda, mis väidab, et päikeseenergia kasutamiseks mõeldud seadmed võivad olla suhteliselt odavad, ja üks, mis näitab, et päikeseenergiat saab hõlpsasti kasutada. ümber koduelektriks. Iga lõigu põhiidee tuleks asetada selle lõigu algusesse. Sellele ideele peaks seejärel järgnema paar lauset, mis sisaldavad konkreetseid tõendeid, mille kirjanik on uurimisfaasis kogunud.
Järeldus kipub olema uurimistöö lühemate osade hulgas, mis nõuab tavaliselt vaid mõnda lauset. Tavaliselt peaks kokkuvõte uuesti esitama töö peamise argumendi ja võtma selle sisu väga lühidalt kokku. Olenevalt juhendaja eelistustest võib olla vaja ka soovitada, kuidas edasised uuringud võiksid edeneda paberkandjal.
Lõpuks lõpeb enamik uurimistöid loeteluga viidetest, mida artiklis tsiteeriti või mida kirjanik oma teemat uurides konsulteeriti. Üldjuhul tuleb see loend esitada tähestikulises järjekorras, kusjuures iga kirje sisaldab kasutatud allika täielikku avaldamist. Kuna viidete loetelude täpsed vormistamise reeglid võivad erialati väga erineda, on oluline konsulteerida oma juhendajaga, et selgitada välja, kuidas iga kirje peaks olema üles ehitatud.