Nakatunud arvutisüsteemist Trooja viirusest vabanemiseks on mitu võimalust ja kasutaja viivitus seab tema isikuandmed ohtu. Võib-olla oleks tavainimese jaoks kõige otsesem tee paigaldada kõikehõlmav viirusetõrjeprogramm, mis suudab trooja automaatselt eemaldada, kuid tuleb ette ka olukordi, kus tundmatut ohtu ei tuvastata ja see tuleb käsitsi eemaldada. Mõnikord võib see olla nii lihtne kui rikutud programmi kustutamine nakatunud süsteemist juhtpaneeli kaudu, kuid muudel juhtudel võib see nõuda Trooja viiruse tegelikku otsimist ja selle sunniviisilist eemaldamist kohast, kus see installiti.
Kõige tõhusam viis Trooja viirusest vabanemiseks on tarkvara, mis tuvastab selle reaalajas, st kohe pärast allalaadimist, ja viirusetõrjeprogramm, mis selle peatab ja kõrvaldab. Paljud viirusetõrjeskannerid, sealhulgas tasuta versioonid, pakuvad reaalajas kaitset, kuid see tuleb aktiveerida; kui programmi ikooni all paremas nurgas ei kuvata, siis see ei tööta praegu. Trooja viiruse või mis tahes tüüpi pahavara kahtluse korral käivitage nakatunud arvuti täielik kontroll ja asetage karantiini või kustutage kõik leitud failid. Muidugi on viirusetõrjeprogramm praktiliselt väärtusetu, kui seda täielikult ei värskendata, seega hoidke automaatsed värskendused kindlasti sisse lülitatud ja külastage sageli tootja veebisaiti, et otsida uuemaid versioone.
Kui viirusetõrjeprogrammil ei õnnestu Trooja viirusest lahti saada, tuleb see automaatselt keelata. Igas Windows® süsteemis, mis on vanem kui Windows 7®, valige “start”, seejärel “run” ja tippige väljale “msconfig”. Järgmiseks klõpsake vahekaardil käivitus ja sirvige loetletud kirjeid, otsides mis tahes nime või teed, mis ei kuulu olulisesse programmi. Kirjutage kõik kahtlustatavad kirjed üles ja tehke veebiotsing, et teha kindlaks, millised need on, ja keelata need, mis on küsitavad. Windows 7® süsteemide puhul pääseb samale teenusele juurde vahekaardi „Programmid” all olevalt juhtpaneelilt.
Kui kõik käivitamisel laaditavad kahtlased programmid on tuvastatud, kirjutage üles faili asukoht ning leidke see käsitsi ja kustutage see süsteemist. Alternatiivne meetod Trooja viirusest vabanemiseks oleks teha täiendav veebiotsing, mis sisaldas faili nime ja tekstis “eemaldamist”. on tõenäoline, et teised on täpselt sama probleemiga kokku puutunud ja samm-sammult juhised võivad olla loetletud foorumil või viirusetõrje veebisaidil. Viimane meetod Trooja viirusest vabanemiseks oleks täiesti eraldiseisva viirusetõrjeprogrammi allalaadimine ja installimine, kuna isegi parimad ei saa 100% Trooja viirustest kinni, kuid see meetod eeldab, et praegune viirusetõrjeprogramm esmalt desinstallitud.
Teine hea võimalus oleks rakendada operatsioonisüsteemi taastevõimalust, kuid kuna kõik andmed, mis loodi pärast seda taastepunkti, lähevad kaotsi, pole see soovitatav, kui see pole tingimata vajalik. Kui kõik muu ebaõnnestub, saab süsteemi uuesti vormindada ka operatsioonisüsteemi puhta installiga. See taastab arvuti tehaseseisundisse.