Mikrobioloogia doktorikraad võtab endale kohustuse teenida ja üliõpilased peavad tegema valikuid selle kohta, mida nad selle doktorikraadiga lõpuks teha tahaksid. Mõnel mikrobioloogiaprogrammil on konkreetne fookus, nagu vähiuuringud, või nad pakuvad kahte kraadi, nagu mikrobioloogia ja immunoloogia. Taotlejad peavad uurima mitut programmi, et leida need, mis on nende huvidega tihedalt seotud, või peavad nad otsima häid üldkoole, mis taluvad paindlikkust ja paljude valdkondade uurimist. See ei ole ainus nõue ja enne kooli vastuvõtmist peavad õpilased vastama paljudele teistele koolinõuetele.
Mikrobioloogia doktorikraadi pakkuvad osakonnad täpsustavad täpselt, mida nad üliõpilaskandidaatidelt nõuavad. Paljud programmid võtavad vastu ainult bakalaureuse kraadiga õpilasi. Sellel kraadil peab tavaliselt olema sarnane fookus ning bioloogia, biokeemia, mikrobioloogia või eelmeditsiini erialad võiksid olla kõige sagedamini aktsepteeritud kraadid. Mõned kolledžid võtavad harva vastu neid, kellel on ainult bakalaureusekraad, ja selle asemel otsitakse magistrikraadiga üliõpilasi konkreetselt mikrobioloogias või sellistes valdkondades nagu geneetika, immunoloogia või rahvatervis. Mõned kõige prestiižsemad koolid ei võta kandidaate vastu, välja arvatud juhul, kui neil on kõrgharidus ja mitmeaastane töökogemus.
Taotlemisel on täiendavad nõuded. Paljud ülikoolid nõuavad õpilastelt üld- ja aineeksami (GRE) sooritamist. Tugevaid hindeid, eriti reaalainetes, saab kõrgelt hinnata. Üliõpilased vajavad ka akadeemilisi või professionaalseid soovituskirju, mis tõendavad nende sobivust doktoritööks. Välismaal sündinud õpilastel võib tekkida vajadus sooritada keeleoskuse tõendamiseks teste.
Õpilased, kes on teinud häid uuringuid ja leidnud koolid, mis vastavad kõige rohkem nõuetele, leiavad end tõenäoliselt teel mikrobioloogia doktorikraadi saamiseks. Nagu iga doktoriprogrammi puhul, võtavad üliõpilased tunde ja veedavad ka palju aega laborites töötades. Paljud koolid soovivad, et nende kooliõpilased õpetaksid või töötaksid õpetajaassistendina aasta või kauem, ja see on tegelikult kasulik paljudele õpilastele, sest neile makstakse sageli stipendiumi, mis võib aidata vähendada kolledžikulusid.
Teisel või kolmandal kooliaastal palub enamik mikrobioloogia doktorikraadi pakkuvaid kolledžeid üliõpilastel sooritada põhjalik eksam. See on vajalik selleks, et teatud õpilastel oleks valdkonnas jätkamiseks piisavad teadmised. Mõned koolid lubavad õpilastel eksami läbikukkumise korral uuesti sooritada. Kui see eksam on edukalt sooritatud, suunatakse üliõpilased doktorikraadi kandidaadiks ja alustavad tööd oma väitekirjaga, mis on pikk projekt, mis hõlmab originaalset uurimistööd, mis esitatakse õppejõududele. Teaduskond peab selle väitekirja enne doktorikraadi andmist heaks kiitma.
Kokku veedab enamik tudengeid mikrobioloogia doktorikraadi teenimiseks neli kuni viis aastat. Aega võib pikendada, kui väitekiri on äärmiselt keeruline või teaduskonna hindamiskomisjon seda esialgu ei aktsepteeri. Selle kraadi teenimine on väärt aega paljudele inimestele, kes võivad seejärel teha karjääri erauuringute, ülikooliõppe või paljudes muudes valdkondades.