Puuviljakärbeste tõrjeks köögis on mitmeid tehnikaid, sealhulgas meetodeid nakatumise ennetamiseks ja nende kiireks lõpetamiseks. Enne likvideerimiskampaania alustamist on oluline kärbsed täpselt identifitseerida, kuna äädikakärbeste jaoks tõhusad meetodid ei pruugi teiste liikide puhul toimida. Puuviljakärbsed on väikesed ja neid kipuvad tõmbama letti jäänud puuviljad ja magusad asjad. Sügisel kipuvad need ka sagedamini esinema.
Puuvillakärbse nakatumise vältimiseks on oluline eemaldada toidu- ja veeallikad. Lekkeid ja muid võimalikke niiskuse tekkevõimalusi tuleks käsitleda. See vähendab ka sipelgaid ja muid soovimatuid külastajaid. Kui värsked puuviljad tuleb välja jätta ja neid ei saa konteineritesse sulgeda, tuleks neid hoida sõelutud anumas, et kärbsed välja ei pääseks. Samuti on soovitatav kõik avatud aknad läbi sõeluda, et puuviljakärbsed ja muud putukad majast eemale hoida. Abiks on ka köögi hoolika puhtuse hoidmine ja kogu taaskasutamise, eriti soodapurkide ja -pudelite, põhjalik loputamine. See välistab potentsiaalsed vaatamisväärsused, muutes köögi puuviljakärbeste jaoks vähem huvitavaks.
Inimestel, kellel on köögis probleeme puuviljakärbestega, võib kärbsepaber aidata kärbseid eemaldada. Abiks on ka püünised; väga lihtsa lõksu saab teha, valades paar untsi äädikat või pannes väikese puuviljatüki purki ja asetades selle peale väikese avaga paberilehtri. Kärbsed võivad lehtri siseneda, kuid neil on raskusi põgenemisega. Kui püünis on täis, võib äädikakärbsed õue viia.
Võimalik on ka insektitsiid, kuid seda tuleb kasutada ettevaatlikult. Keemilised pihustid võivad olla lastele ja lemmikloomadele ohtlikud. Söödaga kärbsepüünised tuleks ohutuse tagamiseks hoida toidust eemal ning väikelastele ja loomadele kättesaamatus kohas ning need tuleks ka kiiresti tühjendada, et vältida surnud kärbeste kogunemist.
Mõnikord on äravoolud sihitud köögis puuviljakärbeste allikaks või meelitamiseks. Mõned putukad sigivad kanalisatsioonis, kuid sagedamini meelitab äravoolus kinni jäänud orgaaniline materjal kärbseid ja inimesed arvavad, et kärbsed tulevad kanalisatsioonist, kuna näevad neid avade ümber hõljuma. Toidu lahustamiseks ja selle loputamiseks võib äravoolu valada ensümaatilise puhastusvahendi. Tõhus võib olla ka söögisooda ja äädika kanalisatsiooni valamine ning keeva veega loputamine.