Geelelektroforees on teatud tüüpi biotehnoloogia, mis eraldab molekulid nende suuruse alusel, et tõlgendada organismi DNA-d. DNA ahela eraldamiseks allikast kasutatakse ensüümi ja DNA suspendeeritakse värvaines. Seejärel kantakse värv negatiivselt laetud geelile lehe ühel küljel. DNA liigub automaatselt läbi horisontaalsete triipude komplekti lehel, et jõuda positiivselt laetud geelini teisel küljel. Geelelektroforees on abiks kahe või enama liigi või üksiku isendi vahelise suguluse kindlakstegemisel. Samuti võib see aidata luua DNA-sõrmejälje.
1
UV-põhise värvaine kasutamisel tulemuste kuvamiseks hoidke UV-valgustit geelilehe kohal. Kui geelileht on teie ees, leidke selle sisselülitamiseks UV-valguse toru lüliti. Hoidke UV-valgust geelilehest 8–16 tolli (20–41 cm) kaugusel. Värvi aktiveerimiseks valgustage DNA proove UV-valgusega ja lugege tulemusi. Kui test viidi läbi õigesti, peaks teie lehel olema paralleelsetes ridades 2–8 vertikaalsete triipude komplekti. Kui loete tulemusi, mis on paberilehele prinditud, võite selle sammu vahele jätta. Mitte kõik plekid ei vaja UV-kiirgust. valgust visualiseerimiseks. Kontrollige, millist plekki kasutasite ja kuidas seda õigesti visualiseerida (näiteks võivad mõned värvained aktiveeruda sinise valguse mõjul või on need kergesti nähtavad, ilma et oleks vaja mingeid eritulesid).
2
Leidke kaevud, otsides suurimaid värvikogumeid. Õigesti orienteerumiseks peate leidma proovide esialgse asukoha, mida nimetatakse kaevudeks. Kui lina on teie ees, otsige lina otsa, kus on suur värvilise geelikogum. Süvendid on kohad, kuhu geeliproovid lehele laaditakse ja näitavad proovi algust. Iga proovi jaoks peaks olema üks süvend. Kui ühel süvendil puudub värv, võib proov olla halvasti peale kantud. Süvendid näitavad lehe negatiivset otsa. Lehe vastaskülg on positiivne ots. Kui iga proov kantakse lehele, liigub negatiivselt laetud DNA läbi lehe positiivse pooluse poole.
3
Klassifitseerige iga riba, märkides proovide päritolu. Kui teile on antud võti, mõistke, et iga horisontaalne rida kujutab ainulaadset DNA komplekti. Kasutage oma võtit, et määrata, mida iga rida tähistab. Proovide arvu saab määrata ridade arvu loendamisega. Kui teile pole võtit antud, ei saa te iga proovi allikat määrata. Elektroforees annab teile teavet ainult DNA proovi käitumise kohta, kuid see ei paljasta proovi allikat. Kui tegite testi ise, kirjutage geeli pealekandmise ajal iga rea proovi päritolu.
4
Tuvastage DNA redel, et luua DNA skaala. Sõltuvalt sellest, kas testi kaasati DNA-redel või mitte, võib teil olla üks riba, mis annab teile võrdluse hõlbustamiseks skaala. Seda skaalat nimetatakse DNA-redeliks. DNA redel sisaldab teadaoleva suurusega DNA ribasid, et oleks lihtsam aru saada, kui suured või väikesed teised ribad on. Tegelike DNA proovide ribade järjestus on väga erinev. Võib olla paar õhukest riba, millele järgneb 1–2 tolli (2,5–5,1 cm) tühja ruumi, millele järgneb paksud ribad ja mis lõppevad õhukemate ribadega. DNA-redel muudab üksikute ribade tegeliku suuruse väljaselgitamise lihtsamaks, andes teile midagi, millega neid võrrelda. DNA-redel on peaaegu alati paigutatud lehe üla- või alaossa viimasesse ritta.
5
Väiksemate DNA molekulide leidmiseks tuvastage süvenditest kaugemal olevad ribad. Iga proovi pealekandmisel hakkab see negatiivsest poolusest eemalduma positiivse pooluse suunas, kuna DNA on selle selgroos olevate fosfaatrühmade tõttu negatiivselt laetud. Kuid see ei põhjusta molekulide suuruse alusel eraldumist. Suuremad DNA molekulid on aeglasemad, kuna neil on rohkem liigutatavat massi, kuid neil on ka suurem elektrivälja jõud, kuna neis on rohkem negatiivselt laetud fosfaatrühmi. Need kaks tühistavad üksteist täpselt. Eraldumise põhjustab proovimolekulide takistus geelist. Väiksemad molekulid võivad kergemini läbi geeli pooride migreeruda, nii et kui geelelektroforees peatatakse, on nad kaugemale jõudnud.
6
Aeglasema DNA leidmiseks leidke süvenditele kõige lähemal olevad ribad. Täiesti analoogselt eelmisele etapile migreeruvad suured molekulid aeglasemalt läbi geeli pooride, nii et kui elektroforees peatatakse, pole nad nii kaugele jõudnud kui lühem molekul. Vaadates suuremate ja väiksemate ribade sagedust, kuna need ilmuvad ühes reas, saate hea pildi proovi DNA sõrmejäljest. Üksikute ribade järjestusviis on iga geneetilise proovi jaoks ainulaadne. Ribade muster loob konkreetse pildi kellegi geneetilisest ülesehitusest. Iga riba paksus ei näita DNA molekulide pikkust, vaid seda, kui palju neid on.
7
Iga riba suuruse määramiseks kasutage DNA redelit. DNA redelit kasutatakse selleks, et anda teile skaala, millega üksikuid ribasid võrrelda. DNA redeli ribade suurus sõltub testis kasutatud redeli tüübist, kuid tavaliselt on see kas 10–100 aluspaari (aluspaarid) või 500–1000 aluspaari. Kaevudele lähim riba on spektri suurima suurusega ja kaevudest kõige kaugemal asuv riba on madalaim. Nii et 10–100 bp redeli puhul on aukudele lähim 100 bp ja kaugeim 10 bp. 1000 bp on sama, mis 1 kb. Kb on lühend sõnast kilobase ja redel võib kasutada seda ühikut bp asemel. Mida väiksem on skaala, seda täpsemad on võrdlused. Aluspaarid ja kilobaasid on lihtsalt mõõtühikud. Need viitavad DNA molekuli füüsilisele suurusele.
8
Sarnasuste leidmiseks otsige ribasid, mis ilmuvad lehel samas kohas. Lehte terviklikult vaadates otsige punkte, kus eri ridadel on kaks või enam riba identsetes kohtades. See näitab, et DNA proovid on kuidagi seotud. Kui järjestuses on 2 või enam rida ilma kattumiseta, pole need omavahel seotud. Mida rohkem on 2 näidist omavahel seotud, seda rohkem on nende järjestused kattuvad. Teisisõnu, kui vaatate lehte, mille süvendid on vasakul, otsite vertikaalseid veerge, kus on korraga kaks riba. Näiteks emal ja tema lapsel on pooled ribad kattuvad. Lapsel ja nende sugulastel võib siiski olla ainult 2–3 riba, mis kattuvad.
9
Tuvastage identsed proovid, leides sama konfiguratsiooniga ribad. Kui kahel või enamal proovil on peaaegu identne ribade järjestus, on tegemist sama DNA-ga. See ei tähenda tingimata, et proovi allikaks on samad identsed kaksikud, näiteks on elektroforeesilehel sama DNA järjestus. Kahtlustatava kuriteopaigaga sidumiseks on tavaliselt vaja identseid ribasid.
10
Mõistke elektroforeesi testimise piiranguid. Elektroforeesi testimine on abiks DNA proovide võrdlemisel, kuid mõnikord võib olla raske teha lõplikke järeldusi. Skaalat saab ainult nii suurendada ja määrimine võib muuta ribad raskesti tõlgendatavaks. Mõnel juhul ei saa te lõplikult väita, et 2 näidist on omavahel seotud. Rohkem kui 2 kattuvat riba viitab kahe proovi tugevale sarnasusele. Tulemusi hinnates ütlevad teadlased sageli, et on “suur tõenäosus”, et 2 proovi on omavahel seotud, kui vähem kui pooled kahe proovi ribadest kattuvad.