LOD skoor või koefitsientide logaritm on statistiline test, mida kasutatakse geneetilise seose analüüsis. LOD-skoor võrdleb testiandmete saamise tõenäosust, kui kaks lookust on seotud, tõenäosusega saada testiandmeid, kui kaks lookust ei ole seotud.
1
Oletame, et kahe geeni vahel on teatud geneetiline kaugus (vahemikus 0–0 kuni 50 cM). Oletame, et võtate geneetilise kauguse (r) väärtuseks 0,1.
2
Oletame, et teil on 13 isendit, kellest 2 on rekombinantsed. Mitterekombinatsioonide tõenäosus on 1-r = 1-0,1 = 0,9
3
Kuna soovite jälgida iga genotüüpi, jagate selle 2-ga: (1-r)/2=0,45. Rekombinantide tõenäosus on r/2 = 0,1/2 = 0,05 Andmete tõenäosus, kui kaks geeni on seotud, on ((r/2)^R)*(((1-r)/2)^NR), kus R = rekombinantide arv ja NR = mitterekombinantide arv. Seega on andmete tõenäosus, kui kaks geeni on seotud, ((0,05)^2)*((.45)^11) Andmete tõenäosus, kui kaks geeni on mitteseotud, on (0,25)^(R+NR) = (0,25)^13 Nüüd koefitsientide log = (andmete tõenäosus, kui kaks geeni on seotud)/(andmete tõenäosus, kui kaks geeni pole seotud). Seega, koefitsientide logi = (((.05)^2)*((0.45)^11)) / ((0.25)^13) = 25.7 LOD skoor on log10(25.7) = 1.41.
4
Korrake seda protsessi r jaoks kui 0, 0,01, 0,03, 0,05, 0,3 ja 0,5. LOD skoori kõrgeim väärtus on teie õige vastus. Teie oletatav geneetiline kaugus on tõenäoliselt lähedane kahe huvipakkuva geeni tegelikule kaugusele.
5
Koostage kahe huvipakkuva lookuse sugupuu. Mida rohkem andmeid kogute, seda parem.
6
Määrake rekombinantsete ja mitterekombinantsete arv. Oletagem näiteks, et alleelid A1 ja B1 pärinesid ühelt vanemalt ning lookuse 2 A2 ja B2 pärinevad teisest vanemast. A1B1 või A2B2 pärivad järglased on mitterekombinantsed, samas kui need, kes pärivad A1B2 või A2B1, on rekombinantsed.
7
Arvutage tulemuste saamise tõenäosus eeldusel, et kaks lookust on seotud. Selle annab ((R/(R+NR))^R)*((1-(R/(R+NR)))^NR), kus R = rekombinantide arv, NR = mitterekombinantide arv. näiteks MNS-i veregruppide süsteemis on M ja S seotud ning N ja s on seotud. Oletame, et 100 juhuslikust isendist on 25-l MS-haplotüüp, 30-l Ms-haplotüüp, 6-l NS-haplotüüp ja 39-l Ns-haplotüüp. Kuna M ja S on seotud ning N ja s on seotud, on MS ja N mitterekombinantsed ning Ms ja NS rekombinantsed. Seega on rekombinantide arv = R = 30+ 6 = 36, samas kui mitterekombinantide arv = NR = 25 + 39 = 64. Rekombinantne sagedus on R/(R+NR) = 36/(36+64) = 0,36. Tulemuste saamise tõenäosus, eeldades, et kaks lookust on seotud, on seega ((0,36)^36 )*((1-(0,36))^64) = 4,19187538*10^-29.
8
Arvutage tulemuste saamise tõenäosus eeldusel, et kaks lookust pole omavahel seotud. See on antud 0,5^(NR+R). Ülaltoodud näites on see 0,5^(64+36) = 0,5^100 = 7,88860905×10^-31.
9
Jagage tulemuste saamise tõenäosus eeldusel, et kaks lookust on seotud (alates ülaltoodud sammust 3) tulemuste saamise tõenäosusega eeldusel, et kaks lookust ei ole seotud (alates 4. sammust ülalpool). Meie näite puhul võrdub see 4,19187538*10^-29/7,88860905×10^-31 = 53,14.
10
Võtke ülaltoodud suhte 10 baaslogaritm (5. samm). Näiteks on see võrdne log 53,14 = 1,73.