AIDSi epideemia algus oli viiruse geneetilise materjali peen nihe, mis võimaldas viirusel muutuda zoonootiliseks, mis tähendab, et see võis loomadelt inimestele edasi kanduda. Tõenäoliselt aastakümneid kestnud aja jooksul kandus viirus korduvalt Aafrika primaatidelt inimestele ja lõpuks pani see aluse inimpopulatsioonis ning hakkas levima Aafrika mandri piiridest väljapoole. Selleks ajaks, kui teadlased ja meditsiinitöötajad suutsid kõik punktid ühendada, oli AIDSi epideemia levinud üle suure osa maailmast; 2007. aasta seisuga oli üle 33 miljoni inimese kogu maailmas nakatunud HIV-sse, viirusesse, mis areneb AIDS-iks.
AIDSi epideemia alguse üle on vaidlusi ja isegi praegu panevad teadlased endiselt pusletükke kokku. On selge, et HI-viirus pärines Lääne- ja Kesk-Aafrikas elavatelt primaatidelt ning tõenäoliselt kandus see inimestele üle kogukondades, kus inimesed söövad primaatide liha. Mõned teadlased on oletanud, et Aafrika linnade esilekerkimine võis kaasa aidata ka AIDSi levikule, kuna elanikkond koondas.
Aafrikast levis AIDS-i viirus Haitile ja seejärel hakkas see kiiresti erinevates suundades levima. Gei-stjuardessi, keda mõnikord nimetatakse nullpatsiendiks, sõimatakse sageli AIDSi epideemia põhjustamise pärast, kuid kõik tõendid viitavad sellele, et viirus levis samaaegselt mitmes kogukonnas; HIV-viirusel on tegelikult mitu erinevat rühma või klade, mis illustreerib tõsiasja, et seda ei põhjustanud ükski inimene.
Klaadid viitavad ka millelegi hoopis huvitavamale, milleks on see, et HIV ja AIDS on ilmselt palju vanemad, kui arvatakse. Üldteadmised AIDSi epideemia kohta viitavad sellele, et viirus tekkis 1980. aastatel, kuid tegelikult hakkas see levima tõenäoliselt 1930. aastatel, kasvades eksponentsiaalselt, kuni 1980. aastatel oli meditsiinitöötajatel piisavalt juhtumeid, et mõista, et neil on epideemia. Vähemalt üks dokumenteeritud AIDS-i surm pärineb 1950. aastatest, mis toetab seda seisukohta.
AIDSi epideemia leviku kohta rohkem teada saades loodavad teadlased avastada uusi meetodeid selle haiguse raviks ja võib-olla ka ravimiseks või selle vastu vaktsineerimiseks. Näiteks reageerivad erinevad kladid ravile ainulaadsel viisil, illustreerides HIV- ja AIDS-i viiruste mitmekesisust, ning mõned kladid on surmavamad kui teised; vähem surmaga lõppenud klaad on tõenäoliselt vanemad, kuna nende ohvrid oleksid elanud piisavalt kaua, et haigus edasi leviks.