Mikrolaineahi on kindlasti olnud köögiga seotud leiutistest kõige vastuolulisem. Suur osa mikrolainete ohutusega seotud muredest on seotud ühe kiirguse kogusega. Sõnal “kiirgus” on meie jaoks kõikvõimalikud konnotatsioonid, elades nagu tuumaenergia ajastul. Mikrolaineahi tekitab töötamise ajal kiirgust, kuid oluline on määratleda, mis on kiirgus ja milliseid ohte see inimestele kujutab, kui üldse.
Teaduslikult öeldes koosneb kiirgus mis tahes lainetest, mis moodustavad osa elektromagnetilisest spektrist. Nähtav valgus, raadio- ja televisioonisignaalid ning kaugjuhtimispultide kasutatavad infrapunakiired on kõik kiirguse vormid. Oleme pidevalt mingil määral ümbritsetud igat tüüpi kiirgusega. Nagu enamik inimesi teab, võivad mõned kiirguse vormid, näiteks röntgenikiirgus, olla piisavalt suurtes kogustes ohtlikud või isegi surmavad. Mikrolaineahjude kasutatav kiirgus on väga pika lainepikkusega, nii et see pole meie silmadele nähtav. See on aga täpselt õigel lainepikkusel, et ergutada veemolekule, soojendades neid ning see omakorda soojendab mikrolaineahjus olevat toitu.
Valdav osa mikrolaineahjude tekitatavast mikrolainekiirgusest sisaldub töötamise ajal ahjus endas. Väike kogus võib välja pääseda ja see on normaalne ega põhjusta muret. Kõik mikrolaineahjude mõjud või ohud on üsna kerged, võrreldes ohtlikumate energialiikidega, nagu gamma- ja röntgenikiirgus. Objekti mikrolainetega kokkupuute peamine tulemus on see, et see kuumeneb. Seetõttu on mikrolainete peamine oht põletushaavadeks, nagu ka muu puhul, mis kasutab toidu valmistamiseks kuumust.
Kunagi oli nii, et väike kogus mikrolainete lekkimist võis häirida südamestimulaatorite tööd, kui südamestimulaatoriga inimene seisis liiga kaua mikrolaineahjule liiga lähedal. Südamestimulaatorite ja nende kasutatavate patareide väljatöötajad on enamiku nendest probleemidest pärast seda parandanud, kuigi pole mingit garantiid, et rikkis mikrolaineahi ei kujutaks endast mingit ohtu. Kuigi enamiku mikrolainete kasutamine on täiesti ohutu, tuleb teha rohkem uuringuid, et teha kindlaks, milline on mikrolainekiirguse ohutu tase. See võib võtta aega, kuna on raske uurida, millised on väga madala kiirgustaseme mõjud inimese eluea jooksul.