EXE-laiendiga failid ehk EXE-failid võivad olla arvutile kahjulikud, kuid mitte alati. Tegelikult võivad EXE-failid olla tohutult kasulikud. On mitmeid tehnikaid, mida inimesed saavad kasutada, et kaitsta end kahjulike EXE-failide eest, tagades, et nad avavad ainult ohutuid faile.
Kui failil on .exe laiend, tähendab see, et kui keegi sellel klõpsab, käivitab fail automaatselt koodi. Klassikaline .exe-faili kasutamine on allalaadimiseks saadaval tihendatud tarkvaras. Keegi laadib EXE-faili alla, klõpsab sellel ja fail käivitab automaatselt installiprogrammi, mis ekstraktib faili sisu ja võimaldab kasutajal määrata mõned sätted. Fail võib sisaldada kõike alates tekstitöötlusprogrammist kuni mänguni.
Paljud tarkvaraarendajad lasevad oma tooted veebis välja EXE-failidena, mida inimesed saavad alla laadida. See on loodud mugavuse huvides, et inimesed saaksid tarkvara kohe installida, mitte ei pea seda tellima ja installiplaate ootama. Kahjuks on selline praktika harjunud arvutikasutajaid saama EXE-faile alla laadida ja seetõttu on inimesed mõnikord nende suhtes vähem ettevaatlikud, kui nad peaksid olema.
Pahatahtlikud EXE-failid võivad käivitada mitmesuguseid toiminguid, mis võivad arvutit kahjustada. Fail võib avamisel installida viiruse või suunata arvuti sooritama toimingut, näiteks failide juhuslikku kustutamist. Kuna EXE-fail käivitub selle avamisel automaatselt, ei ole arvutikasutajal võimalust sekkuda ja faili peatada, kui selgub, et see teeb midagi kahjulikku.
Esimene nõuanne kahjulike EXE-failide vältimiseks on EXE-failide allalaadimine ja avamine ainult usaldusväärsetest allikatest. Näiteks kui keegi soovib tavalist Windowsi utiliiti, peaks ta minema selle allalaadimiseks ametlikule Windowsi veebisaidile, mitte tundmatule kolmanda osapoole saidile. Erinevate programmide allalaadimiseks on hea mõte minna programmi ametlikule saidile või kasutada teenust, nagu CNet, mis kontrollib kõiki oma saidil olevaid faile, et kontrollida kahjulike materjalide olemasolu. Isegi sõpradelt EXE-failide vastuvõtmine ei ole soovitatav, kuna keegi ei pruugi olla teadlik, et failis on viirus.
Inimesed saavad teavet EXE-faili kohta ka ilma seda avamata, valides selle ja minnes menüüs vahekaardile „Atribuudid”. Atribuudid peaksid sisaldama faili ja autori kirjeldust; kui kirjeldus ja autor tunduvad kummalised, ei pruugi faili avamine olla turvaline. Lõpuks saab viirusetõrjetarkvara kasutada EXE-failide skannimiseks enne nende avamist, et veenduda, et need ei sisalda viiruseid. Kasutajad saavad ka seadistada oma operatsioonisüsteemi nii, et see küsib EXE-faili avamisel, kas nad soovivad jätkata; see aitab inimestel vältida ka EXE-faili kogemata avamist.