Veebisisu turvalisus on suur probleem nii keeruliste sisusüsteemide ja andmebaasidega suurte veebisaitide kui ka väikeste lihtsa hüperteksti märgistuskeele (HTML) liidesega veebisaitide jaoks. Üks esimesi suuri asju, mida veebisaidi omanik peab mõistma, on see, et isegi kui veebisait on väike ja ei sisalda väärtuslikku teavet, võivad häkkerid selle ikkagi sihtida. Saidi omanik peaks ka kontrollima veebisaiti sisestusvigade suhtes, nagu need, mis võimaldavad kasutajatel sisestada HTML-i või muud kodeeringut sisestusaladele. Teised valdkonnad, mida veebisisu turvalisuse tagamiseks kontrollida, on kasutajaõiguste seaded ja andmete valideerimine. Samuti tuleks mõista andmepüügipettusi ja hoiduda tundliku teabe kodeerimisest.
Paljud veebisaitide omanikud, nii suured kui ka väikesed, usuvad tavaliselt, et neil on veebisait, mida ei häkita või mis pole häkkimist väärt. Tõenäoliselt kehtib see enamiku veebisaitide omanike kohta, eriti nende puhul, kes omavad väikeseid veebisaite ja postitavad lihtsalt teavet igapäevaelu kohta. Enamik häkkereid ründab suuri veebisaite, kuna neil on väärtuslikku teavet, kuid teised ründavad väikeseid veebisaite lihtsalt lõbu pärast. Veebisaidi suurusest olenemata võib see olla häkitud, nii et turvalisus peaks alati olema omanikul meeles.
Paljudel veebisaitidel on ala, kuhu külalised saavad andmeid sisestada, näiteks kommentaaride jaotis. Kui veebisaidil pole piire selle kohta, milliseid väärtusi saab sisestada või kui see lubab programmeerimiskeeli nendest sisenditest käivitada, saab viiruse hõlpsalt sisendisse paigutada. Näiteks kui kommentaaride jaotis võimaldab kasutajatel käivitada JavaScript®-i, saab häkker sisestada skripti, et varastada veebisaidi küpsise teavet. Veebisisu turvalisuse tagamiseks peab administraator määrama sisendid, mis takistavad programmeerimiskeelte aktiveerimist.
Veebisaidil, kus töötab korraga palju kasutajaid, peaksid kõik kasutajate load olema minimaalsed. Kui kasutajal on vaja ainult mõnda teavet andmebaasist lugeda, peaks administraator lubama ainult seda õigust ja mitte midagi muud. Autentimis- ja valideerimisprogrammid aitavad turvalisust, kontrollides kogu sissetulevat ja väljaminevat teavet. Kuigi enamik töötajaid ei varasta teavet, töötavad nad veebisaidiga kõige lähemal ja võivad kergesti ohustada veebisisu turvalisust.
Andmepüügipettusi saab kasutada veebisaidile sisenemiseks ja kogu veebisisu ümberkirjutamiseks või kustutamiseks. Andmepüügipettuse korral saadab häkker meili, näidates end ettevõttena, näiteks domeenimajutusettevõttena. Meilis öeldakse, et host vajab tundlikku teavet, näiteks veebihalduri administraatori parooli. Administraatorid ei tohiks kunagi meili teel tundlikku teavet väljastada, sest see põhjustab peaaegu kindlasti veebisisu turvaprobleeme.
Paljudes programmeerimiskeeltes on silt, mis võimaldab programmeerijal märkmeid kirjutada. Need märkmed on tavaliselt väikesed, näiteks kirjeldavad üksikasjalikult, mida funktsioon teeb, kuid muud märkmed on ohtlikud. Mõned uued programmeerijad võivad jätta koodi sisse parooli, mida igaüks saab lugeda. Administraatorid ja programmeerijad peaksid kontrollima sellist tundlikku teavet ja peaksid selle viivitamatult koodist kustutama.